Заключение диссертационного совета (1102941)

Просмтор этого файла доступен только зарегистрированным пользователям. Но у нас супер быстрая регистрация: достаточно только электронной почты!

Текст из файла

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 501.002.11,СОЗДАННОГО НА БАЗЕ ФЕДЕРАЛЬНОГО ГОСУДАРСТВЕННОГОБЮДЖЕТНОГО ОБРАЗОВАТЕЛЬНОГО УЧРЕЖДЕНИЯ ВЫСШЕГОПРОФЕССИОНАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ«МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТИМЕНИ М.В. ЛОМОНОСОВА», ПО ДИССЕРТАЦИИНА СОИСКАНИЕ УЧЁНОЙ СТЕПЕНИ КАНДИДАТА НАУКАттестационное дело № _________________Решение диссертационного совета от «17» декабря 2015 г. № 24О присуждении Рубцовой Екатерине Владимировне, гражданке РоссийскойФедерации, учёной степени кандидата физико-математических наук.Диссертация «Исследование топологии гидратных оболочек белков»по специальности 03.01.02 – «Биофизика» принята к защите 9 октября 2015г., протокол №22, диссертационным советом Д 501.002.11, созданным на базеФедерального государственного бюджетного образовательного учреждениявысшего профессионального образования «Московский государственныйуниверситет имени М.В.

Ломоносова», 119991, Российская Федерация,Москва, Ленинские горы, д. 1, в соответствии с приказом о созданиидиссертационного совета No773/нк от 5 ноября 2013г. Министерстваобразования и науки Российской Федерации.Соискатель Рубцова Екатерина Владимировна 1989 года рождения. В2012годуокончилакафедруматематикифизическогофакультетаФедерального государственного бюджетного образовательного учреждениявысшего профессионального образования «Московский государственныйуниверситет имени М.В.

Ломоносова» по специальности «физика». В том жегоду поступила в очную аспирантуру Федерального государственногобюджетного образовательного учреждения высшего профессиональногообразования«Московский государственныйЛомоносова».1университет имени М.В.Диссертация выполнена на кафедре математики физического факультетаФедерального государственного бюджетного образовательного учреждениявысшего профессионального образования «Московский государственныйуниверситет имени М.В. Ломоносова».Научный руководитель:ЛобышевВалентинИванович,докторфизико-математическихнаук,профессор Федерального государственного бюджетного образовательногоучреждениявысшегопрофессиональногообразования«Московскийгосударственный университет имени М.В. Ломоносова».Официальные оппоненты:1. Ермаков Юрий Александрович, доктор физико-математических наук,ведущийнаучныйсотрудникФедеральногогосударственногобюджетного учреждения науки Института электрохимии им.

А.Н.Фрумкина РАН2. Мазо Михаил Абрамович, кандидат физико-математических наук,старшийнаучныйсотрудникФедеральногогосударственногобюджетного учреждения науки Института химическойфизики им.Н.Н. Семенова РАН1. дали положительные отзывы на диссертацию.Ведущая организация:Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институтмолекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук,119991, ГСП-1, г. Москва, ул. Вавилова, д. 32, ИМБ РАН, в своёмположительномзаключении,подписанномзаведующимлабораториейвычислительных методов системной биологии ИМБ РАН, д.ф.-м.н.,профессором Туманяном Владимиром Гайевичем и ведущим научнымсотрудником лаборатории вычислительных методов системной биологииИМБРАН,к.ф.-м.н.ЕсиповойНатальейположительном заключении указала, что:2Георгиевной,всвоём диссертационная работа Рубцовой Е.В.

«Исследование топологиигидратныхоболочекбелков»являетсяактуальнымнаучнымисследованием в диссертации решены все поставленные задачи автореферат и публикации отражают содержание выполненнойдиссертационной работы сделанные автором выводы вполне обоснованы и достоверны иподтверждаются приведенным в работе фактическим материалом результаты работы могут быть использованы в широком круге научныхисследованийВыбор ведущей организации и оппонентов обосновывается авторитетностьюи компетентностью назначенных оппонентов и широкой известностьюдостижений ведущей организации в тех областях, которые затрагиваетдиссертация.Соискатель имеет 9 опубликованных работ, в том числе по теме диссертации–9работ,опубликованных2,врецензируемых1работарекомендованныхВАК,-соответствующейтемедиссертации.Внаучныхявляетсяглавойматериалахизданиях,вкниге,российскихимеждународных симпозиумов – 6 работ.В опубликованных работах соискателя отражены все основные результатыдиссертации и положения, выносимые на защиту.

Отдельно стоит отметить,что во всех печатных работах соискатель является первым автором.Наиболее значимые научные работы по теме диссертации:1. Рубцова Е., Соловей А., Лобышев В. Статистические характеристикигидратныхоболочек белков. Компьютерное моделирование//Вестник Московского университета. Серия 3. Физика, астрономия. —2015. — № 5. — С.

33–38.2 . Рубцова Е., Соловей А., Лобышев В. Распределение внутренних3параметров структуры гидратной оболочки белков // Биофизика.— 2014. — T. 59, № 6, C. 1071-10783. Rubtcova E., Solovey A., Lobyshev V. Topology and geometry of proteinwater shell by computer modeling // Chemical and BiochemicalTechnology: Materials, Processing, and Reliability. – 2014. – С. 14-33.На автореферат диссертации поступили следующие отзывы:1.

Отдокторасотрудникафизико-математическихИнститутанаук,ТеоретическойиведущегонаучногоЭкспериментальнойБиофизики РАН лаборатории физической биохимии Полозова РобертаВалентиновича: в отзыве отмечено, что в работе представленоконструктивное доказательство существования вполне определённойпространственной сети молекул.2. От доктора химических наук, профессора, заведующего лабораториейструктуры водных растворов ИОНХ им.

Н.С. Курнакова РАН ЛященкоАндрея Кирилловича: в отзыве в качестве рекомендации длядальнейшей работы отмечено, что необходимо провести болеедетальное сравнительное рассмотрение вопроса о структурныхгруппировках воды в растворах и биологических объектах в случаедругих белков.3. Откандидатаматематикифизико-математическихФедеральногообразовательногонаук,доцентагосударственногоучреждениявысшегокафедрыбюджетногопрофессиональногообразования «Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова» Могилевского Ильи Ефимовича: в отзыве отмеченоприменение в работе численных методов, отвечающих современнымпредставлениям математического моделирования биосистем.4.

От кандидата физико-математических наук, старшего научногосотрудникаФедеральногообразовательногогосударственногоучреждения4высшегобюджетногопрофессиональногообразования «Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова» Хахалина Андрея Владимировича: в отзыве указан рядзамечаний, которые в том числе носят рекомендательный характер.5. От кандидата физико-математических наук, младшего научногосотрудникаНИИ физико-химической биологии им.

А.Н.Белозёрского Нестеренко Алексея Михайловича: в отзыве указан ряднедостатков,связанныхснеполнымотражениемнекоторыхподробностей работы в автореферате.Все отзывы положительные, отмечается актуальность диссертационногоисследования, теоретическая и практическая значимость, научная новизна. Вотзывах присутствуют отдельные замечания относительно оформления иотдельных формулировок.

При этом указывается, что данные неточности неснижаютдостоинствдиссертационнаяработы.работаВовсехпредставляетотзывахсобойотмечается,законченнуючтонаучно-квалификационную работы и удовлетворяет всем критериям, предъявляемымк диссертациям на соискание учёной степени кандидата наук, «Положения оприсужденииученыхстепеней»,утвержденногопостановлениемПравительства РФ от 24 сентября 2013 г. No 842.Диссертационныйсоветотмечает,чтонаоснованиивыполненныхсоискателем исследований:Разработаны:1. Библиотеки для расчёта функции распределения плотности в гидратнойоболочке2. Библиотекидлямолекулярнойдинамикиводныхкластеровсиспользованием потенциала F3C и численных схем интегрированиявысокой точностиПредложен:5Метод быстрого расчёта функций распределений валентных и торсионныхуглов с помощью представления гидратной оболочки как системыгексациклов.Доказано, что: Функцииплотностипериодическуюмолекулструктуру,водывгидратномслоеимеюткачественносовпадаютдлябелковразличных типов. Существуют статистически значимые отличия в распределении угловО-О-О ("валентных" углов) и О-О-О-О ("торсионных" углов) вгидратном слое белков и в объёмной воде.Теоретическая значимость исследования обоснована тем, что:полученныерезультатыхарактеристикахводыразвиваютвсовременныеприбелковомслое,представленияпозволяютотойтиоотпредставлений связанной воды как льдообразной структуры.Применительно к проблематике диссертации результативно (эффективно, тоесть с получением обладающих новизной результатов) использованы: Метод полноатомной молекулярной динамики с использованиемсилового поля CHARMM. Алгоритм поиска циклов в ширину. Критерий остановки итерационного процесса в виде невязки междудвумя функциями по норме пространства h[a, b].Подробно изложены все этапы численных экспериментов моделированияводных кластеров и белков в водных оболочках, а также методика полученияфункций плотности в гидратных оболочках в зависимости от расстояния добелка.6Изученоповедениеводныхкластеров,построенныхврамкахпараметрической модели воды, с учётом нагрева, проведена оценка времёнстабильностейструктур,полученызначенияпотенциальных энергийизучаемых водных кластеров.Проведена модернизация метода молекулярной динамики, реализованного вбольшинстве молекулярно-динамических программных пакетах: в работеиспользованы численные схемы высоких порядков, собственные критерииостановки итерационного процесса, - всё это позволило достичь требуемыхточностей расчёта.Значение полученных соискателем результатов исследования для практикиподтверждается тем, что: Показано, что в гидратной оболочке рассматриваемых молекул белкапрактически все (более 95%) молекул воды принадлежат, по крайнеймере, одному гексациклу. Гексациклыпреимущественносоединяютсяподвумсмежнымвершинам. Показано, что распределение плотности воды в гидратных оболочкахбелковноситпериодическийхарактервплотьдообразованиячетвёртого гидратного слоя.Достоверность результатов исследования обеспечивается: Использованием численных схем интегрирования высоких порядков Стабильностьюизучаемыхструктурнаинтервалевременимоделирования. Сопоставлением результатов для нескольких начальных состоянийодного и того же белка.78.

Характеристики

Тип файла PDF

PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.

Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.

Список файлов диссертации