Отзыв официального оппонента 3 (1102820), страница 2
Текст из файла (страница 2)
Это свидетельствует о глубокой проработке диссертантом математических основ подхода, несомненном владении предметом обсуждения, дости>кении высокого профессионального уровня в данной области: "видении" перспективных задач с целью развития в будущем достигнутых результатов. Степень достове ности ез льтатов. Достоверность результатов, изложенных в диссертационной работе, обеспечивается использованием метода моделирования, который математически обоснован, тщательно апробирован, а также корреляцией результатов, полученных с его помощью, с доступными литературными данными.
Замечания. Имеются замечания к работе, - как по ее содержанию, так и по оформлению. 1. В диссертационных работах, выполненных методами компьютерного моделирования, огромное значение имеет не только использованный математический метод, но и все детали его реализации, особенно если автором метод подвергнут модификации для прило>кения к оригинальным объектам.
В деталях подчас содержится большое количество оригинальных, плодотворных идей, они представляют собой большую ценность для коллег. Детальному описанию методики расчетов диссертанты обычно уделяют большое внимание, иногда (чтобы не загромо>кдать основной текст подробностями) выделяя описание алгоритма в Прило>кения. В данной диссертационной работе также разработан оригинальный алгоритм. Вместе с тем создается впечатление, что описанию -технологической" стороны проведения расчетов в диссертации уделено гораздо меньше внимания, чем она того заслуживала.
Например, было бы разумно затронуть некоторые вопросы внутренней математической 'кухни" разработки алгоритма; упомянуть проблемы, возникавшие в процессе реализации алгоритма, а также пути, которые использованы для решения этих проблем. Особых усилий диссертанту это бы не стоило, поскольку эти детали содер>кит одна из его статей, включенная в список публикаций по теме диссертации (8.У.ХаЫо1зй!у, з.А. Маг1ешуапоча, Ъ'.А. !чапом, %.
Ран!. Бгос1>аз!!с Арргохппас!оп Мопге Саг1о А1иог!1!пп Гог Са1си!айоп о1'Иа8гаш о1'81а1ез о1'а 8!пд1е Р!ех!Ые- Беппех!Ые Соро1утег С!>а!и д Ро!ушег Яс!епсе, Бейез А, 2016, Чо!. 58, Хо. 6, Р. 899 — 915). Цитированная статья, однако, опубликована только на английском языке (хотя и в российском журнале), а наличие русскоязычного описания методики в виде Принс>кения в диссертации могло бы играть в будущем весьма полезную роль для студентов и аспирантов, — как учебное пособие, введение в некоторую научную область. Как представляется, это явное упущение диссертанта. 2. В диссертации практически нет информации о другой стороне проведения компьютерных экспериментов: об использовании суперкомпьютера и связанных с этим вопросах; о способе распараллеливания алгоритма; о времени, которого требуют расчеты, и т,п.
Казалось бы, одна цепь длиной 64 звена — это короткая цепь, тогда почему для осуществления расчетов диссертанту потребовался суперкомпьютер? Диссертант упоминает в конце диссертации, что результаты работы были получены с использованием ресурсов суперкомпьютерного комплекса МГУ им. Ломоносова (на суперкомпьютере "Ломоносов" ), т.е. проводимые расчеты потребовали значительных затрат процессорного времени, но более подробных комментариев не приводит. Специалисту, который знаком с особенностями методов "плоских гистограмм" Монте-Карло, причины этих затрат понятны, но у читателя, который будет знакомиться с методами впервые по данной диссертационной работе, могут справедливо возникнуть по этому поводу вопросы. 3.
В диссертации построены диаграммы состояний только для длины М = 64 мономерных звена (хотя и для разных длин блоков). Но эти диаграммы (стабильные морфологии), очевидно, зависят от длины цепи Х, и эта зависимость может оказаться существенной.
Диссертант тоже отдает себе в этом отчет, и на стр.83 диссертации сообщает, что этот вопрос - предмет дальнейших исследований. Однако он не приводит информации о том, предпринимались ли хотя бы попытки удлинить цепь и (хотя бы в 'тестовом" варианте) оценить, насколько сильно изменятся диаграммы состояний. Безусловно, это тесно связано с предыдущим замечанием о вычислительных затратах: каковы они для цепи И=64, и каковы оценочные затраты для более длинных цепей? Быть может, эти затраты даже определяют на сегодня предельное значение М цепи при исследовании данным методом. В какой степени к этому пределу удалось приблизиться с цепью Я=64? Отметим, что эти вопросы не умаляют значимости результатов, полученных диссертантом для И=64, поскольку, как показывает история развития теории переходов клубок — глобула, ранее было получено много принципиально важных результатов, хотя в анализе использовались лишь достаточно короткие цепи.
Более того, в реальных биополимерных системах длины цепей вовсе не являются бесконечными. 4. Диссертант не приводит сравнения теоретических результатов с результатами реального эксперимента. Если причина в том, что таких данных найти просто не удалось (или их не существует), то были бы не лишними некоторые рекомендации диссертанта о возможных способах экспериментальной проверки хотя бы части тех эффектов, которые обсуждаются в диссертации; таковые, однако, отсутствуют. 5.
Диссертант использует два определения энтропии, — по Больцману и по Гиббсу, сравнивает их в пятом разделе. Это, безусловно, является очень важным исследованием, и у читателя в итоге возникает вопрос о том, какое из определений энтропии является правильным. Однако свою точку зрения по этому поводу диссертант не высказывает. 6. Существует некоторая несогласованность в названиях, которые использует диссертант: 1-я глава названа 2-м разделом, 2-я глава - 3-м разделом, и т.д. Всего в диссертации 4 главы (или 5 разделов).
При этом в Приложении на стр.118 диссертант пишет: 'как было сказано во введении в главу 5...", тогда как главы с таким номером в работе нет. 7. В подписи под рисунком 1 (стр.16) указано: "Малые глобулы: с) сколлапсированная система", но не отмечено, к какой именно системе это относится.
Должно быть написано '...сколлапсированная система (а)". 8. В подписи под рисунком 7 (стр.51) нет расшифровки обозначений. Следовало хотя бы указать, что левый рисунок отвечает выра>кению (43) на стр.49, а правый — выра>кению (44) на стр.50 основного текста. Но и при этом на рисунке 7 остается без расшифровки параметр В„», а по обозначениям параметры г и а„„на рисунке отличаются от параметров г, и а, соответственно, в выражении (43).
Обычно смысл обозначения зависит не только от используемого символа, но и от того, каким шрифтом он набран. На рисунке 7 символы обозначены прямым шрифтом, а те >ке символы в тексте — курсивом. 9. На рисунке 11 (стр.65) отсутствует разница между обозначениями вариантов (а) и (Ь) диаграмм состояний и обозначениями "а" и "Ь' областей устойчивости на этих >ке диаграммах. На рисунке 12 (стр.бб) диссертант намеревался использовать те же обозначения (и указал это в подписи), но на самом рисунке обозначения вариантов (а) и (Ь) диаграмм состояний отсутствуют.
10. В подписи под рисунком 8 (стр.55) следовало указать, что обозначения Кн К по осям координат отвечают выражению (52); при этом также видна разница в используемых шрифтах символов на рисунке и в тексте. 11. 1-1а рисунке 8 указаны формы: "год", "зрЬеге", "сЫс". Очевидно, этот рисунок заимствован из собственной зарубежной публикации, хотя можно было бы изготовить рисунок и специально для диссертации с указанием этих форм на русском языке. Аналогично, на рисунке 16 указано 'соп1ас1 епег8у", на рисунке 21 — 'Мах~че11 1оор", на рисунке 26 — "епег8у". 12.
Подписи к ряду рисунков диссертации не содер>кат расшифровок обозначений по осям координат. Например, подписи под рисунками 9, 10 (стр.62), под рисунком 11 (стр.65), рисунком 12 (стр.бб), рисунком 14 (стр.70) и другими. В тексте диссертации необходимые расшифровки имеются, но подпись к каждому рисунку должна содер>кать полную информацию, необходимую для понимания этого рисунка, чтобы читатель мог проанализировать его без обращения к тексту и поиска соответствующего обозначения.
13. На стр.14 диссертант пишет: '"Свободная энергия системы терпит излом". Но, во-первых, речь фактически идет об изломе на зависимости, а не об изломе энергии, как таковой, а во-вторых, представляется более предпочтительным использовать глагол 'претерпевает" вместо 'терпит". Отметим, кроме того, что в работе встречается значительное количество опечаток, орфографических ошибок (например, на стр.4, 18, 30, 36, 40, 43, 47, 65, 92). 14. В списке литературы (в той форме описания источников, которую избрал диссертант) нет единообразия. Так, названия статей приводятся не всегда; приводятся то полные, то сокращенные названия журналов; указывается либо только первая страница статьи, либо первая и последняя. Отметим, однако, что приведенные замечания носят частный характер и не влияют на высокую оценку диссертации в целом.
ПУб~~и~и .О юу мер у д раЦ уб 4~М ж в международных журналах, индексируемых в базах данных ФеЬ оГ 8с>епсе, ЯСОР138, а также в 10 тезисах конференций. А Ацуяудщ. А р ч р д р м диссертации и опубликованных работ. Выводы диссертационной работы С.В. Заблоцкого обоснованы, они отражают результаты компьютерных экспериментов, проведенных методом СПМК, и сомнений не вызывают. Диссертацию и автореферат отличает хороший литературный стиль, они прекрасно оформлены. Каждый раздел диссертации завершается краткими формулировками полученных результатов и "локальных" выводов. Это производит очень благоприятное впечатление от работы: диссертант выделяет наиболее важные достижения, полученные в текущем разделе, отмечая "вехи' на пути к достижению поставленной цели, что не позволяет локальным выводам в какой-то степени "раствориться" в том случае, если при подведении итогов диссертационной работы они не войдут в список основных выводов.
Отметим, наконец, что диссертант, безусловно, увлечен исследованиями, результаты которых он описал в диссертации. Это очевидно не только по тщательности, с которой изложен материал, но и по ряду ббразных, эмоционально окрашенных фраз, которые автор иногда использует в тексте (например, "На рис.20 бросаются в глаза регулярные осцилляции микроканонической температуры..." — стр.80; "недавние работы Гильберта, Дункеля и Хэнги... подняли полемику в литературе..." - стр.86).
Заключение. Полученные диссертантом в итоге проведенной работы результаты и выводы убедительны, сомнений не вызывают. Данная диссертационная работа является законченным научным исследованием и отвечает паспорту специальности 02.00.06 и всем критериям, установленным для кандидатских диссертаций (согласно п.2 -Положения о присуждении ученых степеней" в Московском государственном университете имени М.В.Ломоносова„утвержденного ректором МГУ имени М.В. Ломоносова 27.10.2016, принятого в соответствии с Федеральным законом от 23.08.1996 № 127-ФЗ 'О науке и государственной научно-технической политике"', Порядком присуждения ученых степеней, утвержденным Постановлением Правительства Российской Федерации № 842 от 24.09.2013„ Положением о диссертационном совете Московского государственного университета имени М.В.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
