Отзыв официального оппонента 2 (1102280)
Текст из файла
О'$ЗЫВ Официальното оппонента на диссертационну~о работу Кузьминой Натальи Виитороииы ИАтомио-еиловаа микроскопия сигма(70) — еубьедииицы РНК-полимеразы Е.сой», предстанленную на сОискание ученой степени кандидата физико"математических наук по специальности 03.01.02 — «Биофизика», 03.01.08 — «Биоинженерий» систематическое изучение морфолосии и физи~ескиХ СВОЙСТВ асре~атоВ бел~а о~л — субъединицы РИЕ-полимеразы К сой, получены новые данные о Работа Н.В.
Кузьминой иалиетеи Визуальной, поскольку В ней исследунттсй Особенности ~тр~ений и функционироааний о' — суоъединицы РНК вЂ” полнмеразы Е, СОЙ, Ва~кных длй пониманий молекулйрных МСХанизМОВ прокарнотической транскрипции. Исследойанне агретацин О' --субъединицы СОВременным Высокоразрец1акнцим Ме~од~М АСМ В е~т~с~аенноЙ жидКОЙ окру®аннцей среде позаолнло продаинутьсй В понимании ретулйции процессОВ формироВаний амилоидных фиОрилл и самООрсанизации их В более сложные иерархические структуры, Научиаи значимость работы определйетсй тем, что определение морфололии амилоидных асресатоВ О" — субъединицы РИК-полимеразы Е.
по~В~ЛЯ~~ Вылвить неко*орые Обилие ~а~~~~мерно~т~ формир~ваниЯ амилОидных стРУкттР разных типОВ ОелкОВ и их урОвней ОРГанизации и ~риб~и~ит~~я к пониманикз регуляции зтого проц~с~~. Опр~д~~е~~е геометрических размеров и механических характеристик амилоидных структур Открывает нОВые перспектиВы для МОлекулярнОГО конструирования синтетических материалОВ. ПРВ$л ическая ценность определяется Возможностью использоВания способности амилоидов к самоорганизации наряду с их г1ластичностькз для конструирования стр~ител~ных блоков для Созданил ~ОНЫХ наноструктур и наноматериалов длЯ органической нанозлектроники, биоорганических нанопроводОВ„адреснОЙ доставки диаГнОстических и лекарственных средств при лечении различных забОлеВаний и дру'Гих медицинских приложений.
Работа состонз из В~едения, четырех глав, результатов и ~ЫВОДОВ. списка литературы, В~~вес евин обоснована еетуеииеносте ееиы иасвевоввний. СфОРМУЛИРОВВНЫ ЦЕЛИ И ОСНОВНЬГЕ зада~и Работые ИЗЛОЖЕНЫ Основные ПОЛОЖЕНИЯе ВЫНОСИМЬГЕ На ЗВГЦИТУт а ТВКЖЕ ОПРЕДЕЛЕНЫ НауЧНВЯ НОВИЗНВ, практическая и теОретическая значимость РезультатоВ исследОВания, ВРГУМЕНТИРована ДОСТОВЕРНОСт~в ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТВТОВ. Здес~ ЖЕ Дана информация ОО апробации и личнОм Вкладе ВВтора диссертации, публикациях по теме и~след~вани~, Крат~о О~исаны структура и содержание диссертации. Пе2Вая гле1ВВ яВляется ОбзОрноЙ, В ней приВедены сведения О строении РНК вЂ” полимеразы, образовании агрегатов Оз~ — субъединицы и процессе агрегации оелков В целом.
Описаны характерньге признаки амилоидных фибрилл, способы организаации в более сложные формы глобулярных белков, о~ерчены Основньге пути биоинженерных направлений их использования. Рассмотрены основньге принципы рабо*ы АСМ, используемьге подложки. Проведено сопоставление результатов АСМ-исследований полиморфизма амилоидов пО литературным данным.
пзлочкообразнои з~ регации О'о-сзбъединицы РНК-полнмеразы Е.сой. Описана методика при~отовл~ни~ образцов о' -субъединицы и ~~д~~ия изчерений методами АСМ и ПЭМ. Выполнен большой объем работ по АСМ- исследовзнн1О О "субъеднницы и ее чутантОВ В Воздушной среде н жидкости 70 в зависимости От кОнцеьнтрзции рзстВОРОВ, Времени хранения белка. Анализ АСМ-изображений и гистограмч распределений по размерам позволил детально Описать морфологию белковыХ зссоцизтов„установить, что хранение не является фзктОром рОстз пзлочкОООрззиых структур и ВыяВить ра наличие зависимости длины о -субъединицы От состава солевого раствора.
7З Ачилоиднзя природа пзлочкообрззных агрегатов О' -субъединиц была красным и нераствОримости В дОдецилсульфате натрия, Впервые показана способностьа"'-субъединицы РНК-поличерззы Е.СО77' к спонтанному образованию амилоидоподобных агрегатов 777 лп О.
Обнаружена фнбРИЛЛЯРНЗЯ форма ЗГРЕГЗТОВ ДИЗМЕТРОМ 5»4 + О, Нч» длниой ДО 300 НЧ И левозакрученной спирзльностью с цгагом Витка — 20 нм. рретьа пекка посааомна»кспернментаиьноьгу иссиедоеаиим методом АСМ червеобразной агрегзции а -субъединицы РНК-полимеразы Е. сой. 7« „ Червеобразные агрегаты, наблюдаемые при сканировании в воздушной среде и в жидкости, имеют форму в виде «бусин на нити».
Измерение высоты и ра~чет величины модуля 1Онгз нз Основе Статис~ического анализа флуктуаций их контуров позволило придти к иключению, что «бусины» образованы более чеч одной молекулой белка н имеют неамилоидную природу, В еетеертод гааее гтредстааеена иерархи гескак модмть агрегм»ии и"'- Субьсдииицы (ЧО»дстн» «КОФЕЙНЫХ ЧЗП7ЕЧЕК»)т ОПИСЫВЗЮШЗя РЗЗЛИЧНЬГЕ стадии формирОВзния Оелковых структурах В Основе мОдели лежит структура СПИРЗЛИ С ОСЬЮ ВРЗШЕНИЯ ТРЕТЬЕГО ПОРЯДКЗ, ПРИ ЗТОМ В уЗЛЗХ СТРА»КТУРЫ находятся димеры белка.
Феноменологическая чодель ооъясняет различие морфолосий !!ало !Кообразных амилоидных фибрилл неамилоидных а!.ре!атоа однопо и топо же белка, о~обенности Образования разветВленных структур и формирование колец на разных стадиях самосборки белка, пути фо1змировання ТОПО или иносо типа набл!Одаемых а!.регатов Оелка.
Модель согласуется с данными измерений пеометрических размеров белковых структур методом АСМ, Важным моментом яв!!Яется Возможно~ть испо~ьзования прелложенйой модели для друпих белко~. К наиболее важным и интересным научным результатам работы можно отнее$'н еледувзФцее." Впервые показана способностью™-субьед!!Ни!!ы РНК-полимеразы Е.сой спон':!анному Образовани!О ам!!'!Оидоподоб!! рх а! р» ! атов щ у!и'о и наиден! ! условия„бз!асопрйятные для выра!Пивания фибрилл и! я!п.о (деления 1-73 и рде Й .
Й р р). П у д б д |д использования амилоидных фибрилл д!!я нужд нанотехнолопии, Разработана Модель амилоиднОЙ а! ре! анин,, которая Обьясняет, ~аким образом формиру!Отея !!ространственйые структуры разли н!ОЙ сложности, позволяет прос!!едить путь От начальных тта!!ОВ образования димеров до более молекулярйосо дизайна, к управленикз пропессом саыоорсанйзапи!! фибрилл пОсредстВом изменения различных физикО-химических факторов. Необходимо отметить системный подход к анализу полученных результатов.
Достоверность полученных в работе результатов Обеспечивается значительным объемоы экспериментальных исследоВаний; испоз!ьзОванием при проведении зксперимен'!ОВ современно!о ~борудования; коррект~ой обработк~Й зкспериментальных данных путем статнстическопо анализа данных и Отсутствием противоречий между ними и теоретическими положениями. 1, Число литературных источников представленных В части обзора, касакзщейся метода ЛСМ 1глава 1, раздел 131, явно недостаточно — список литературы по АСМ о~раничен двумя ссылками на не основополагающие работы иностранных авторов.
Неудивительно поэтому, что приведены избыточные свел~пня о п(юцессе изготовления кремниевых кантилеверов, которые не имеют прямого отношения к теме диссертации, тогда как не Освещены бОлее важные метОдические Особенности рабОты с биологическими объектами в жидкой среде, (например, выбор режимов сканирования, распознавание артефакт~в изооражений и их устранения, аспекты количественных измерении). 2. Неудачны некоторые формулировки: «трехмерная морфология» (морфология — наука 0 форме и строении, которая не мОжет оыть трехме1)ной), «наноразмерное разрешение» «с.5), кадсорбция молекул на поверхности слюды различными сайтами» (с.51).
При дос~а~очно в~соком ~аче~тве оформления работы следует отметить ряд неточностей; не указан масштаб изображения (Рис.1.15; 1.23; 3.1)„размер изображения в каком направлении? (рис.2.3; 2.6; 2.9). Указанные недостатки ни~~ольк~ не снижают общую ценность методологической по своему характеру диссертационной работы, Ко~орал представляет законченное экспериментальное исследование. За)сли)чеиие по диссертации Н.В. Кузьминой. Диссертация изложена ясным физическим языком, выполнена на высоком уровне и представляе* собоЙ завершенное научное исследование на акту'альнук) тему.
Рабов содержит б~л~шое число ори~инал~ны~ экспериментальных данных и иллюстраций, обоснованные решения важных научных и практических проблем, По каждой главе и работе в целом сделаны четкие выводы. Результаты работы„вклк)чая содержание защищаемых поло)кений, в достаточной степени опубликованы в рецензируемых журналах высоким импакт-фактором, апробированы на Всероссийских и МеждунарОдных конференциях. Личный вклад а~тора и его высокая квалификация не вызывак)т сомнения.
Автореферат точно и полно Отражает содержание диссертации. Считаю, что по обьему полученных результатов, их научной и практическОЙ значимости и актуальности диссертация полностью удовле*воряет к))итерияы, установленным В Полол"енин о присужден~и ученых степенен В МосковскОм ГосудзрстВеином университете имени М.В.Ломоносова, з ее автор, Кузьмина Наталья Викторовна, ззслу"кивает присуткленияучепОЙ ~~е~~~и кандидата физико-математических наук по специальностям 03,01.02 - «биофизика» и 03.01.03 - «биоинженерия», 0Й)ицизльный оппОнент И.О, Зав, сектора сканирующей зондоаой микроскопии Федерзльноко посударстаенно) о учреждения «Федеральный научно-исследовательский центр «Еристзлло) рзф))я и фотоникз» российскоЙ академии наук», ДОКТОР ФИЗИКО-МЗТЕМЗТИЧЕСКИХ НЗУК 1 19333 Москва, Ленинский проспект 59 Рабочий ~еу~ефон ~ЙЯ)5)) 3) 1 ) 00 е )пзй д~~ч )) ч..; - 1 „"::.„)Вя ) ц КЭ.А.
Дьякова .
Характеристики
Тип файла PDF
PDF-формат наиболее широко используется для просмотра любого типа файлов на любом устройстве. В него можно сохранить документ, таблицы, презентацию, текст, чертежи, вычисления, графики и всё остальное, что можно показать на экране любого устройства. Именно его лучше всего использовать для печати.
Например, если Вам нужно распечатать чертёж из автокада, Вы сохраните чертёж на флешку, но будет ли автокад в пункте печати? А если будет, то нужная версия с нужными библиотеками? Именно для этого и нужен формат PDF - в нём точно будет показано верно вне зависимости от того, в какой программе создали PDF-файл и есть ли нужная программа для его просмотра.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
