Определение регуляторных сегментов в геномах методами теоретического анализа последовательностей нуклеотидов ДНК (1097789), страница 8
Текст из файла (страница 8)
Biochem Biophys Res Commun. 2008 Jan18;365(3):583-8.Boeva V, Clément J, Régnier M, Roytberg MA, Makeev VJ. Exact p-valuecalculation for heterotypic clusters of regulatory motifs and its application incomputational annotation of cis-regulatory modules. Algorithms Mol Biol. 2007Oct 10;2:13.Enikeeva FN, Kotelnikova EA, Gelfand MS, Makeev VJ. A model ofevolution with constant selective pressure for regulatory DNA sites. BMC EvolBiol. 2007 Jul27;7:125.44Rakhmanov SV, Makeev VJ. Atomic hydration potentials using a MonteCarlo Reference State (MCRS) for protein solvation modeling. BMC Struct Biol.2007 Mar 30;7:19.В.А. Боева, М.В.
Фридман, В.Ю. Макеев Эволюция микро- имнинисателлитов в геноме человека. Биофизика. 2006, 51:650-655.Е.Д.Ставровская, В.Ю.Макеев, А.А.Миронов CLUSTERTREE-RS:алгоритм кластеризации регуляторных сигналов с помощью бинарногодерева. Молекулярная биология. 2006, 40: 524-532.Malko DB, Makeev VJ, Mironov AA, Gelfand MS. Evolution of exon-intronstructure and alternative splicing in fruit flies and malarial mosquito genomes.Genome Res. 2006 Apr;16(4):505-9. Epub 2006.Boeva V, Regnier M, Papatsenko D, Makeev V. Short fuzzy tandem repeatsin genomic sequences, identification, and possible role in regulation of geneexpression. Bioinformatics. 2006 Mar 15;22(6):676-84.Favorov AV, Gelfand MS, Gerasimova AV, Ravcheev DA, Mironov AA,Makeev VJ. A Gibbs sampler for identification of symmetrically structured, spacedDNA motifs with improved estimation of the signal length.
Bioinformatics. 2005May 15;21(10):2240-5..Kotelnikova EA, Makeev VJ, Gelfand MS. Evolution of transcription factorDNA binding sites. Gene. 2005 Mar 14;347(2):255-63.Tompa M, Li N, Bailey TL, Church GM, De Moor B, Eskin E, Favorov AV,Frith MC, Fu Y, Kent WJ, Makeev VJ, Mironov AA, Noble WS, Pavesi G, PesoleG, Régnier M, Simonis N, Sinha S, Thijs G, van Helden J, Vandenbogaert M,Weng Z, Workman C, Ye C, Zhu Z. Assessing computational tools for thediscovery of transcription factor binding sites. Nat Biotechnol. 2005 Jan;23(1):13744.Рагулина, Л.Е., Макеев, В.Ю., Есипова, Н.Г., Туманян, В.Г., Богуш,В.Г., Дебабов В.Г. Анализ вторичных структур спидроинов первого и второго45типов из пауков, принадлежащих различным видам.
Биофизика,2004;49(6):1147-9.Рагулина, Л.Е., Макеев, В.Ю., Есипова, Н.Г., Туманян, В.Г., Никитин,А.М., Богуш, В.Г., Дебабов В.Г.Исследование периодичностей впоследовательностях аминокислот спидроинов первого и второго типов изпауков различных видов. Биофизика, 2004, 49(6) 1053-60Kattenhorn LM, Mills R, Wagner M, Lomsadze A, Makeev V, BorodovskyM, Ploegh HL, Kessler BM. Identification of proteins associated with murinecytomegalovirus virions.
J Virol. 2004 Oct;78(20):11187-97.Makeev VJ, Lifanov AP, Nazina AG, Papatsenko DA. Distance preferencesin the arrangement of binding motifs and hierarchical levels in organization oftranscription regulatory information. Nucleic Acids Res. 2003 Oct 15;31(20):601626.Kalinina OV, Makeev VJ, Sutormin RA, Gelfand MS, Rakhmaninova AB.The channel in transporters is formed by residues that are rare in transmembranehelices. In Silico Biol. 2003;3(1-2):197-204.Vandenbogaert M, Makeev V. Analysis of bacterial RM-systems throughgenome-scale analysis and related taxonomy issues. In Silico Biol. 2003;3(12):127-43. Epub 2003.Lifanov AP, Makeev VJ, Nazina AG, Papatsenko DA. Homotypic regulatoryclusters in Drosophila.
Genome Res. 2003 Apr;13(4):579-88.Кравацкая, Г.И., Франк, Г.К., Макеев, В.Ю., Есипова Н.Г. Сходствопериодических структур в расположении нуклеотидов на участках началарепликации бактериальных геномов. Биофизика. 2002. 47(4):595-9.Papatsenko DA, Makeev VJ, Lifanov AP, Régnier M, Nazina AG, DesplanC.Extraction of functional binding sites from unique regulatory regions: theDrosophila early developmental enhancers. Genome Res.
2002 Mar;12(3):470-81.46Ramensky VE, Makeev VJ, Roytberg MA, Tumanyan VG. Segmentation oflong genomic sequences into domains with homogeneous composition with BASIOsoftware. Bioinformatics. 2001 Nov;17(11):1065-6..Ramensky VE, Makeev VJu, Roytberg MA, Tumanyan VG. DNAsegmentation through the Bayesian approach. J Comput Biol. 2000 Feb-Apr;7(12):215-31.Есипова Н.Г., Кутузова Г.И., Макеев В.Ю., Франк Г.К., Баландина А.В.,Камашев Д.Э., Карпов В.Л. Анализ особенностей распределения нуклеотидовна участке начала репликации хромосомы oriC из E.
coli. Биофизика, 2000, т.45, № 3, с. 432-438.Кривенцева Е.В., Макеев В.Ю., Гельфанд М.С. Статистический анализэкзон-интронной структуры генов высших эукариот. Биофизика, т. 44, № 4,1999, с. 595-600.Кутузова, Г.И., Франк, Г.К., Есипова, Н.Г., Макеев, В.Ю., Полозов Р.В.Периодичности в контактах РНК-полимеразы с промоторами.
Биофизика,1999 Mar-Apr;44(2):216-23.Frank GK, Makeev VJ. G and T nucleotide contents show specie-invariantnegative correlation for all three codon positions. J Biomol Struct Dyn. 1997Apr;14(5):629-39.Кутузова Г.И., Франк Г.К., Макеев В.Ю., Есипова Н.Г., Полозов Р.В.Фурье-анализ нукле-отидных последовательностей. Периодичности впромоторных последовательностях Есoli. Биофизика, 1997, 42(2):354-62..Makeev V.Ju, Tumanyan VG.
Search of periodicities in primary structure ofbiopolymers: a general Fourier approach. Comput Appl Biosci. 1996 Feb;12(1):4954.Макеев В.Ю., Франк Г.К., Туманян В.Г. Статистика периодическихзакономерностей в последовательностях интронов человека М., Наука.Биофизика, том 41, вып. 1., 1996.47Makeev V.Ju, Tumanyan VG, Esipova NG. The third nucleotide of the Glycoding triplet remembers the periodicity of the collagen chain. FEBS Lett. 1995;366(1):33-6.Макеев В.Ю., Туманян В.Г. О связи методов автокорреляционнойфункции и дискретного анализа Фурье при анализе биологическихпоследовательностей. Биофизика, 1994,Макеев В.Ю. Стохастический резонанс и его возможная роль в живойприроде. Биофизика, 1993, 38, 1, ст.
194.48.
![](https://s.studizba.com/z.php?f=/templates/si/i/noavatar.png&w=100&h=100&t=1"){kind=avatar}
