Диссертация (Диагностическое значение определения особенностей митохондриальной ДНК при энцефаломиопатиях у детей), страница 14

Между группами 1 (мтЭМП)и 2 (МД) выявлено 54 различия в генной экспрессии, между группами 1 и 3 (ВМ) –9 различий, между группами 2 и 3 – 15 различий. Учитывая общее количествоисследованных генов – 199, группы 1 и 3 обладают достаточно схожим характеромгенной экспрессии, доля различающихся между этими группами значений геновсоставила 4,52%. Доля же различий между группами 1 и 2 составила 27%, чтозначимо выше по сравнению с этим показателем относительно группы 3 (согласнокритерию Хи-квадрат, р=1,55e-10).Для визуализации статистически значимых результатов были построеныграфики рассеяния с учетом уровня достоверности различия между 1 и 2 группами(рисунки 3.26-3.28).

На графиках по оси Х представлена кратность изменениязначения экспрессии гена относительно среднего по выборке, а по оси Y – значениевеличины р (вероятности ошибки при отклонении нулевой гипотезы). Каждаяточка соответствует значению одного гена. Соответственно, чем сильнееразличается уровень экспрессии гена в двух группах, тем дальше отстоит точка отцентральной оси (как в правую, так и в левую сторону) и тем выше онарасполагается относительно линий порогового значения ошибки p. Для удобстварезультаты разделены на три части.Общий массив достоверно различающихся между группами пациентов генов,а также основные статистические характеристики этих различий представлены втаблицах3.15-3.17.Согласнотаблице3.15,вгруппепациентовсмитохондриальными миопатиями значимо повышена экспрессия генов ATP5E,99COX15, COX10, DIABLO, HIF-1Α, MT-ATP6, MT-ATP8, OPA1, SDHA, SDHB иснижена экспрессия генов ABCB6, ALDH18A1, AMT, ATPAF2, C10orf2, COQ2,CPT1A, CYCS, DGUOK, DLAT, ETFA, FH, FXN, GATM, GCDH, GSR, HSPA14,HSPA4L, HSPB1, MT-CYB, MT-ND2, MT-ND4, MT-ND5, MT-ND6, MTRR, NDUFA1,NDUFA10, NDUFA11, NDUFB3, NDUFB9, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS6,NDUFV1, NDUFV2, OPA3, PDP1, POLG, POLG2, SLC25A12, SOD2 по сравнению спациентами с миодистрофиями.Согласно таблице 3.16 в группе пациентов с митохондриальнымимиопатиями значимо повышена экспрессия генов COX6B1, HIF-1Α, MT-CO1, MTCO3 и снижена экспрессия ATP7E, MT-ATP6, HSPA4L, HSPA9 по сравнению сгруппой врожденных миопатий.Согласно таблице 3.17 в группе пациентов с врожденными миопатиямизначимо повышена экспрессия генов MT-ATP8, HSPA2, HSPA4L, HSPB1, ATP5 иснижена экспрессия CYP11B2, GFM1, KIF1B, MTRR, NDUFA9, NDUFS6, NDUFS8,PANK2, SLC25A13, TIMM8A по сравнению с группой пациентов с мышечнымидистрофиями.100Рисунок 3.26.

График рассеяния для массива данных экспрессии генов,ассоциированных с работой митохондрий, у пациентов из групп 1(митохондриальные миопатии) и 2 (мышечные дистрофии).По оси Y – десятичный логарифм вероятности ошибки первого рода;По оси X – двоичный логарифм отклонения значения от среднего в группе.Непрерывными и пунктирными линиями обозначены пороговые значениявеличины р, снизу-вверх: 0,5; 0,1; 0,05; 0,01.Каждая точка обозначает значение одного из генов в заданных координатах.Выделены цветом и подписаны гены, предположительно наиболее значимые дляпатологического процесса.101Рисунок 3.27.

График рассеяния для массива данных экспрессии генов,ассоциированных с работой митохондрий, у пациентов из групп 1(митохондриальные миопатии) и 2 (мышечные дистрофии).По оси Y – десятичный логарифм вероятности ошибки первого рода;По оси X – двоичный логарифм отклонения значения от среднего в группе.Непрерывными и пунктирными линиями обозначены пороговые значениявеличины р, снизу-вверх: 0,5; 0,1; 0,05; 0,01.Каждая точка обозначает значение одного из генов в заданных координатах.Выделены цветом и подписаны гены, предположительно наиболее значимые дляпатологического процесса.102Рисунок 3.28.

График рассеяния для массива данных экспрессии генов,ассоциированных с работой митохондрий, у пациентов из групп 1(митохондриальные миопатии) и 2 (мышечные дистрофии).По оси Y – десятичный логарифм вероятности ошибки первого рода;По оси X – двоичный логарифм отклонения значения от среднего в группе.Непрерывными и пунктирными линиями обозначены пороговые значениявеличины р, снизу-вверх: 0,5; 0,1; 0,05; 0,01.Каждая точка обозначает значение одного из генов в заданных координатах.Выделены цветом и подписаны гены, предположительно наиболее значимые дляпатологического процесса.103Таблица 3.15. Различия в экспрессии генов между группой пациентов с митохондриальными миопатиями (группа 1)и группой пациентов с мышечными дистрофиями (группа 2).Z,р,Колмогорова-Колмогорова-СмирноваСмирнова0,0581,3410,055-2,0960,0011,7060,006204,93-1,4160,1571,4240,035426,63980,990,041,0011,5810,013ATP5E2148,501409,440,011,0101,8880,002ATPAF219,68154,790,015,0141,3410,055C10orf2153,15392,68-2,3510,0191,4660,027COQ21309,381961,08-2,1810,0291,5650,015COX104314,992425,82-2,8890,0041,6060,011COX153240,231563,280,023,0231,3830,044CPT1A208,721344,29-2,1810,0291,5650,015CYCS1122,902305,070,027,0271,3410,055Среднее вСреднее вZ, Манна-р, Манна-Генгруппе 1группе 2УитниУитниABCB643,595162,62-1,898ACAD892,13265,37ALDH18A187,91AMT104Z,р,Колмогорова-Колмогорова-СмирноваСмирнова0,0251,6060,0110,025,0251,5240,01923651,86-1,5290,1261,4660,0279239,0615784,460,007,0061,9870,001FH18585,0846304,02-2,5770,0101,4820,025FXN47,36575,51-2,3230,0201,5810,013GATM40,11298,74-2,3230,0201,5810,013GCDH52,08412,11-3,2010,0011,6060,011GSR182,50632,81-1,8130,0701,6230,010HIF-1Α15209,448655,960,051,0521,2590,084HSPA14177,64739,640,029,0291,2250,099HSPA4L2514,644079,810,014,0131,5070,021HSPB1290,263221,660,008,0081,6640,008MT-ATP688961,8348264,840,006,0051,4080,038MT-ATP879486,6256891,000,058,0591,4240,035Среднее вСреднее вZ, Манна-р, Манна-Генгруппе 1группе 2УитниУитниDGUOK390,991028,38-2,238DIABLO2245,41342,06DLAT13372,86ETFA105Z,р,Колмогорова-Колмогорова-СмирноваСмирнова0,0011,4820,025-2,7470,0061,6640,00847203,81-2,6060,0091,6480,00922732,6555523,94-2,4070,0161,6480,009MT-ND626246,5551153,96-2,2090,0271,4240,035MTRR12639,9224498,61-2,1810,0291,4240,035NDUFA148,231562,53-2,3230,0201,3410,055NDUFA10835,563654,03-2,6340,0081,7640,004NDUFA1132,042064,08-2,3510,0191,5650,015NDUFB3153,082711,82-2,5210,0121,8460,002NDUFB9682,241428,87-2,7470,0061,7060,006NDUFS235,293115,30-2,4640,0141,5650,015NDUFS354,452276,87-2,8890,0041,8460,002NDUFS481,053205,32-2,9170,0041,8460,002NDUFS6699,212685,36-2,8890,0041,7060,006Среднее вСреднее вZ, Манна-р, Манна-Генгруппе 1группе 2УитниУитниMT-CYB31080,4642865,10-2,832MT-ND234554,8956211,75MT-ND431238,14MT-ND5106Z,р,Колмогорова-Колмогорова-СмирноваСмирнова0,0081,5650,015-2,6620,0081,8460,0021155,00-2,5490,0111,8460,0021238,632468,51-2,2090,0271,0020,268PDP145,48206,03-2,8040,0051,5240,019POLG2407,063891,86-2,4640,0141,6230,010POLG2372,325195,800,013,0121,6640,008SDHA4332,732374,52-2,4920,0131,4240,035SDHB3548,832102,52-2,4360,0151,5240,019SLC25A128263,4931811,26-2,4360,0151,6230,010TUFM263,71980,44-2,0390,0411,3830,044Среднее вСреднее вZ, Манна-р, Манна-Генгруппе 1группе 2УитниУитниNDUFV1678,883073,93-2,634NDUFV274,433208,13OPA13225,54OPA3107Таблица 3.16.

Различия в экспрессии генов между группой пациентов с митохондриальными миопатиями (группа 1)и группой пациентов с врожденными миопатиями (группа 3).Z,р,Колмогорова-Колмогорова-СмирноваСмирнова0,0741,3910,042-1,8280,0681,2760,07710049,96-1,9590,0011,1100,1701156,163412,94-1,7840,0741,3400,055HSPA92385,634269,85-1,9590,0501,4420,031MT-ATP631170,8248377,96-1,3490,1771,4550,001MT-CO186688,6227828,35-2,6550,0081,3400,055MT-CO37665,5133875,49-2,2200,0261,3910,042Среднее вСреднее вZ, Манна-р, Манна-группе 1группе 3УитниУитниATP7E3516,515514,27-1,784COX6B15643,963107,82HIF-1Α12887,48HSPA4LГен108Таблица 3.17. Различия в экспрессии генов между группой пациентов с мышечными дистрофиями (группа 2) игруппой пациентов с врожденными миопатиями (группа 3).Z,р,Колмогорова-Колмогорова-СмирноваСмирнова0,0711,4430,031-2,1830,0291,1890,118142735,49-1,9670,0490,920,3661212,54373,89-2,3980,0161,4430,031HSPA4L1687,761352,73-2,3450,0191,2840,074HSPB14143,051324,62-2,2910,0221,4430,031KIF1B226,08482,55-2,0210,0431,0460,224MT-ATP845143,0531324,62-1,9670,0491,3160,063MTRR112,00346,75-2,2370,0251,4430,031NDUFA94313,7213735,41-2,0750,0381,3160,063Среднее вСреднее вZ, Манна-р, Манна-группе 2группе 3УитниУитниATP55687,763352,73-1,806CYP11B2129,08282,55GFM11313,78HSPA2Ген109Z,р,Колмогорова-Колмогорова-СмирноваСмирнова0,0291,2840,074-1,7520,081,1890,118208,13-1,8590,0631,4590,028225,541155,00-2,0210,0431,3480,053238,63468,51-1,8060,0711,3480,043Среднее вСреднее вZ, Манна-р, Манна-группе 2группе 3УитниУитниNDUFS61132,4332373,81-2,183NDUFS8678,881073,93PANK274,43SLC25A13TIMM8AГен110Обсуждение результатов статистического анализаСтатистический анализ подтверждает результаты первичной визуализацииданных, в особенности тепловой карты и кластеризации групп пациентов.