Отзыв на автореферат 4 (Статистическая теория структуры хроматина)

Отзыв на автореферат диссертации Леонида Игоревича Назарова«Статистическая теория структуры хроматина»,представленной на соискание ученой степеникандидата физико-математических наукв диссертационный совет МГУ.01.01Одним из преимуществ системы, в которой ученые степени присваиваютсяуниверситетами, а не ВАК, является возможность избавиться отбессмысленных бюрократических заклинаний и перейти к более простой иестественной структуре диссертаций. В данном случае это удалось невполне, и автореферат построен по традиционным лекалам, с сохранениембессмысленного раздела «Научная и практическая ценность» идублированием выводов в разделе «Научная новизна».

Это ни в коем случаене недостаток работы диссертанта, а лишь проявление организационнойкосности, к сожалению, во многих отношениях характерной для МГУ впоследние годы.Я не буду пересказывать результаты работы, а лишь перечислю возникшиеу меня замечания и комментарии. Все они носят редакционный характер ине влияют на мою общую положительную оценку работы. Они неупорядочены по важности.(1) Текст недостаточно хорошо структурирован. Иногда оказывается, чтокакой-то термин или понятие используется до того, как оно определено илиобъяснено (например, «крупномасштабная компартментализация» на стр.9; см.

также замечание 3ii).(2) В ряде случаев обсуждение введется во «внутренних», а не всодержательных или общепонятных терминах.(i) Например, на стр. 9 упоминается «чередование участков с повышеннойи пониженной интенсивностью цвета»; однако, интенсивность цвета —это лишь форма визуального представления данных, речь же идет обплотности или частоте контактов.(ii) Второй пример, стр. 10: указано, что некоторый «(параметр являетсякачественно важным, однако не влияет на итоговую структуру картыконтактов)» — явно автор имеет в виду что-то свое, ибо в чем же тогдакачественная важность, если параметр не влияет на итоговую структуру?(iii) Трудно понять подпись к рис. 4, особенно пп.

(г), (д) и (е); замысловатаярасстановка запятых проблему только усугубляет.(iv) Неясно, каким образом реализуются «сценарии», описанные на стр. 12–13: что значит выражение «последовательность (или первичная структура)обеспечивает (или определяет) первичный фолдинг»?(3) Не все утверждения объяснены, а некоторые выглядят голословными.(i) (Например, на стр. 9 сказано, что «тонкая структура модельных матрицконтактов повторяет особенности экспериментальных Hi-C карт» — какиеособенности? вколичественно?какомсмыслеповторяет?можнолиэтооценить(ii) Далее, на стр. 9–10 сказано, что «предложенная модель далека отреальной ситуации: число возможных путей конденсации растет линейно сувеличением числа звеньев цепи, в то время как в реальной жизнинаблюдается экспоненциальный рост путей складывания».

Во-первых,модель описана уже после этого пассажа, да и там недостаточно подробно,а пока что вывод предшествует описанию. Во-вторых, неясно, что такое«на самом деле» и откуда автор про это знает.(iii) Далее, автор пишет: «Однако мы полагаем, что основной результат,заключающийся в появлении тонкой структуры контактных матриц каксуперпозиции многих реализаций процесса конденсации с различнымистатистическими весами, сохранится» — на чем основана эта уверенность?(iv). На стр.

13–14 сказано, что предложенная модель позволяетгенерировать системы, «по свойствам близкие к складчатой глобуле», но несказано, как понимается эта близость (какие именно свойства имеются ввиду), и в чем состоят различия, если они есть.(v) Про модель, предложенную в пятой главе, сказано, что она «можетиллюстрироватьнекоторыебиологическиепроцессы,например,пространственную компактизацию белков и укладку РНК в вирусныйкапсид». Ничто в тексте об этом не свидетельствует и, боюсь, эта фразаявляется результатом уже упомянутой в начале отзыва бюрократическойустановки на «практическую ценность».(4) Есть чисто языковые сложности, например, что-то случилось спадежами в фразе «(пространство-заполняющей кривой Мура, состоящийиз 6ти иерархических уровней, и структура, полученная методомконформационно-зависимо синтеза, описанного в главе 3)» (стр.

17). Настр. 18 сказано: «Теоретически получен закон», — я бы сохранил такуюформулировку за аналитическими выводами, а для результатовкомпьютерного эксперимента использовал что-то другое. Наконец, вссылке 4 есть слово “biophysics”, а в ссылке 12 — “globules prepared bypolymerization”.Сделав эти замечания, повторю, что работа важная и хорошая, а авторнесомненно достоин присуждения искомой степени.Михаил Сергеевич Гельфанд,д.б.н., член Academia Europaea,зам. директора Института проблем передачи информации РАН,профессор Факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ25.10.2017.