Отзыв на автореферат 2 (Статистическая теория структуры хроматина)

отзыв на автореферат диссертации Л.И. Назарова «Статистическая теория структуры хроматина», представленной на соискание ученой степени кандидата физикоматематических наук по специальности 02.00.06 — высокомолекулярные соединения Описание структуры хроматина в ядрах клеток эукариот, а также исследование его динамических свойств представляют собой одни из важнейших и в то время же интереснейших задач молекулярной биологии и статистической физики полимеров. Это во многом связано с тем, что в последнее время появились экспериментальные возможности «заглянуть» внутрь ядра и получить детальную информацию о структурных особенностях хромосом, Диссертационная работа Л.И.

Назарова, посвященная теоретическому описанию особенностей упаковки и динамики хроматина, является в этой связи несомненно актуальной. Для построения теории автор использует модель складчатой глобулы, которая обладает всеми важнейшими для упаковки генетического материала характеристиками — компактностью, многомасштабной доменной организацией и низкой степенью заузленности. Оригинальные результаты, полученные автором, изложены в четырйх главах (главы 2 — 5) диссертации. В главе 2 предложена модель, описывающая тонкую структуру карт внутримолекулярных контактов. В главе 3 представлены методы получения компактных складчатых состояний полимерной цепи. Глава 4 посвящена изучению внутримолкулярной динамики складчатых глобул — развита скейлннговая теория, выводы которой подтверждаются результатами моделирования диффузии плотных полимерных систем методом диссипативной динамики частиц.

Наконец, в главе 5 рассмотрена модель пошаговой упаковки сополимера с короткодействующими взаимодействиями и установлена ее связь с «моделью фонарщика» одномерного случайного блуждания. Автор проделал очень большую, впечатляющую, работу, продемонстрировав владение методами аналитической теории н численных расчетов, которые включали как использование уже известных методов, так и разработку новых алгоритмов. Нельзя также не отметить, что в главах 3 и 4 им были исследованы системы очень больших размеров — длинные цепи, содержащие сотни тысяч мономерных звеньев.

К тексту автореферата у меня имеется несколько замечаний: 1. При обсуждении Рис. 5 (стр. 12) было бы полезным указать число реализаций случайной последовательности гетерополимера, по которым проводилось усреднение. Кроме того, следовало бы отметить, согласно какому вероятностному распределению генерировались случайные последовательности. 2.

Обращает на себя внимание то, что вероятности Р; посещения соседних узлов при построении конформации складчатой глобулы, представленные на стр. 13, не нормированы. Например, согласно определению, вероятность занять узел, рядом с которым уже есть занятые узлы (кроме предыдущего), Р< = 1 + а, больше единицы (параметр а положителен). Можно предположить, что скорее всего речь здесь идет о статистических весах шагов в разных направлениях. Ведущий научный сотрудник лаборатории теории и моделирования полимерных систем Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института высокомолекулярных соединений РАН, доктор физико-математических наук А.А.

Полоцкий 199004, г. Санкт-Петербург, Большой пр. 31, Россия Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт высокомолекулярных соединений РАН (ИВС РАН) Полоцкий Алексей Александрович Е-та11: а(ехеу.ро1оЫсу®8ша11.сот тел. +7 (812) 328-8542 ваяв.шасго.ги 3. Рисунок Зб, представленный на стр. 10, в тексте автореферата не обсуждается. Обсуждение рисунка 11 предшествует обсуждению рисунка 10. При обсуждении на стр. 17 рисунка 12 кривая Мура названа кривой Гильберта. Сделанные замечания, однако, совершенно не влияют на высокую оценку представляемой диссертационной работы. В целом, на основании анализа автореферата следует заключить, что работа Л.И.Назарова по своей актуальности, новизне, научной и практической значимости соответствует всем требованиям, предъявляемым к диссертациям на соискание ученой степени кандидата физикоматематических наук, установленным в «Положении о присуждении ученых степеней в Московском государственном университете имени М.В.Ломоносова» от 27 октября 2016 года.

Ее автор, Леонид Игоревич Назаров, несомненно, заслуживает присуждения ему ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 02.00.06 — высокомолекулярные соединения. .