Отзыв на автореферат 5 (Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови)

ОТЗЫВ на автореферат диссертации Галочкиной Татьяны Владимировны чМоделирование структуры липополисахаридов и нх роли в процессе патологического свертывании крови», представленной на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 — Биофизика. Работа Галочкиной Татьяны Владимировны посвящена исследованию процесса активации свертывания крови при сепсисе прн помощи математических моделей н нвдмолекулярной структуры липополнсахаридов (ЛПС), нх агрегатов и мембран методами молекулярной динамики (МД).

Одной нз причин развития сепсиса являются грамотрицательные бактерии, реакция на которые может быть связана с липополисахаридными компонентами их клеточной стенки. Одним из факторов реакции организма на эти компоненты является активация плазменного звена системы свертывания крови, что провоцирует образование тромбов. Работу условно можно разделить на две части: математическое моделирование процесса свертывания крови и молекулярно- динамическое моделирование длинных фрагментов липополисахаридов и их агрегатов. В первой части проведено теоретическое исследование модели основных реакций каскада свертывания крови н получены аналитические условия существования автоволновых решений и решений типа пульс, получена аналитическая оценка скорости распространения автоволны концентрации тромбина, разработана математическая модель активации контактной системы на ЛПС агрегатах.

Во второй части проведен сравнительный анализ конформационного поведения МД модели длинной полисахаридной цепи О-антигена в двух различных силовых полях, построены модели ЛПС-мицелл, содержащих в своем составе углеводную часть, проведен сравнительный анализ конформационного поведения длинных цепей О-антигена в мембранном окружении для МД модели чистого ЛПС-бислоя и ЛПС-мембраны, содержащей в своем составе белок. Автореферат диссертации хорошо отражает ее содержание, снабжен иллюстрациями и ссылками на основные источники. По результатам работы было опубликовано б статей в рецензируемых изданиях, в четырех нз них соискатель выступал в роли первого автора.

Результаты работы докладывались на многочисленных международных и российских научных конференциях. Сильной стороной работы является то, что в ней используются два существенно разных подхода к решению одно задачи — математическоге моделирование и методы молекулярной динамики. Математические модели.

основанные на дифференциальных уравнениях и включают в себя модель реакция-диффузия и модель реакция-диффузия-конвекция. Молекулярно-динамические расчеты проводились с использованием двух различных полноатомных силовых полей с использованием программного пакета Огогпасз. Использование двух существенно разнх подходов к решению поставленной задачи само по себе говорит о высокой квалификации соискателя. Отдельно стоит отметить детальное исследование модели реакция-диффузия, для которой была показана возможность существования автоволновых решений н решений типа пульс. Основным недостатком работы является плохая связанность двух частей диссертации математического моделирования процесса свертывания и молекулярной динами липополисахаридов. Складывается впечатление, что эти две части являются отдельными, независимыми исследованиями, а не частью одной работы.

Ещй одним, менее существенным недостатком является то, что при моделировании молекул липосахаридов методами молекулярной динамики использовались два силовых поля: И.Ъ'САМ и ОР1.Б-АА. Как следует из автореферата, получаемые в результате моделирования структуры полисахаридов сильно отличались в этих силовых полях. В результате сравнения результатов, автором было выбрано силовое поле ОРЬБАА.

На мой взгляд, вопрос выбора силового поля должен быть проработан глубже, например, можно было бы провести сравнение с одним из наиболее оптимизированных для моделирования углеводов силовым полем СНАКММ, Перечисленные недостатки носят рекомендательный характер, содержание автореферата позволяет сделать вывод о том, что диссертационная работа Галочкиной Татьяны Владимировны «Моделирование структуры липополисахаридов и их роли в процессе патологического свертывания крови», удовлетворяет требованиям, установленным в Положении о присуждении ученых степеней в Московском государственном университете имени М.В. Ломоносова, а ее автор Галочкина Татьяна Владимировна заслуживает присвоения искомой степени кандидата физикоматематических наук по специальности 03.01.02 — Биофизика.

Заведующий лабораторией компьютерного и математического моделирования биологических систем, ассистент кафедры информатики и вычислительной математики Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Московский физико-технический институт (государственный университет)» К. ф.-м.н, РЬ0 Жмуров Артем Андреевич Контактная информация: 141701, Московская область, г. Долгопрудный, Институтский переулок, д.9.

Тел.: +7-926-793-04б0 ета11: зйпшгочФйтпа11.сот .