Отзыв на автореферат к.ф.-м.н. Нестеренко А.М. (Исследование топологии гидратных оболочек белков)

ОТЗЫВ на автореферат диссертации Рубцовой Екатерины Владимировны «Исследование топологии гидратиых оболочек белковь, представленной йа сойскаййе ученой степени кандйдата физико-математических наук по специальности 03.01.02 — «биофизика». Представляемая к защите работа Рубцовой Е.В. посвящена изучению топологических особенностеЙ структур, которые образуют молекулы на поверхностй раздела белок-водйый раствор. Среди широкого спектра работ, посвященных компьютерйому моделированию, даййая работа выделяешься йеобычным подходом. Вопрос о структуре воды в гйдратйых оболока~ биомакромолекул обсуждается уже достаточно долго, в том числе имеются работы й по вычйслйтельной химйй. Одйако средй совремеййых йсследователей, к сожалейию, преобладают метод~ статистйческого а~а~~за поведения отдельных молекул на различном удалении От поверхности, В исследовании Е.

Рубцовой предложен иной подход: анализ топологиЙ Н- связей. Средй йайболее зйачймых результатов даййой работ~ следует отметить обнаружение автором гексациклов Н-связей в гидратной воде по сравйейию с обьемйоЙ фазоЙ. Настоящее йсследоваййе косвенйо претендует йа возможйость с помощью разработаййых автором методов прйблйзйться к решению проблемы о расчете знтропии воды ~хотя сам автор в ~а~ом ключе свои результаты не обсуждает). Необходимо отметить, что автореферат оставляет неясными ряд техййческйх ~ометов.

Остается йеясйым, продиктован лй тот или йной выбор метода ~олеЙ автора или просто случаййым выбором. Не ~он~~~о, почему для исследования устойчивости кластеров в~бран потенциал ИС, а для исследований непосредственно гидратной воды — "ПРЗР. Не понятно, почему автор использовал в первом случае самодельные методы молекулярной дйнамикй с бо~ее точньпи интегрированйем ме~од~м Ру~~еКутты, а во втором с~у~ае — ~ото~ые программные ~апет~, Та~~е совершенно непонятен выбор в качестве модельных систем сферических капел~, а не периодических граничных ус~о~~Й.

Не ЯснО также„почему в аВтореферат не Вынесено сопОстаВление свойств гидратной и объем~ой Воды. Например, Табл. 1 и сопутствующий текст указывают на то„что сопоставление с объемной водой было автором сделано, однако В автореферате данные не приведены. Имеющиеся замечания носят рекомендательный характер и не умаляют ва~ности результатов данноЙ работы для молекулярной биофиз~~~ и Вычислительной химики, На основании автореферата диссертации мо~кно заключить, что работа РубцовоЙ Е.в.

полностью удовлетворяет требованиям, предъявляемым к диссертациям на соискание уче~ой степени кандида~а физико-математических наук, а ее автор заслуж~~ае~ присуждения иско~ой степени по специальности 03.01.02 — биофизика. Нестеренко Алексей Михайлович, кандидат физико-математических наук, младший научный сотрудник НИИ физико-химической биологии Тел: 8 ~495) 939-53-58 е-ша11: д Нестеренко А,М. заВеряю .