Отзыв официального оппонента 3 (Атомно-силовая микроскопия сигма(70)-субъединицы РНК-полимеразы E.coli), страница 2

Достоверность полученных результатов достигалась статистической обработкой многократных измерений. Основные положения и результаты работы опубликованы в профильных международный научных журналах и многократно докладывались на российских н международных конференциях. Также хотелось бы отметить сравнительно небольшое количество опечаток, которые мне удалось обнаружить в данной работе: опечатка в формуле 1.1 на стр.

27 (дважды повторяется нумерация формулы), стр. 52 — дважды повторено слово "раствора" в подписи к рисунку 2.5, на стр. 49 в подписи к рисунку 2.3 не указано, к какому мутанту белка относятся АСМ-изображения, а рисунок 2.17 идет после 2.18. Тем не менее, у меня есть ряд замечаний к данной работе: 1, В диссертации присутствует ряд некорректных переводов англоязычных терминов: «аспектное соотношение» вместо «соотношения размеров», «спектр адсорбцни» вместо «спектра поглощения». 2. В обсуждении рисунка 2.1 говорится, что уширенный пик свидетельствует об адсорбции различных молекул иа поверхность слюды различными сайтами, приводя тем самым к разбросу значений высот на АСМ-изображениях.

Однако мне не совсем понятно, как можно по гистограмме распределения высот в полидисперсной системе делать такие выводы, и, тем более, говорить об асимметричности белка и различных сайтах взаимодействия. На мой взгляд, данное изображение говорит лишь о том, что белок может адсорбироваться в виде мономеров, палочкообразных и аморфных агрегатов разных размеров. 3. На рисунке 2.3 приведены результаты АСМ, которые не являются топограммами исследуемых образцов, однако в тексте я не нашел объяснения того, что это за режимы сканирования.

4. Рисунок 2.5 — на правой части рисунка, показывающей адсорбцию белка после хранения в растворе глицерина, плотность заполнения намного выше, чем на левой, в то время как концентрация белка в растворе была в три раза ниже. Непонятно, чем может быть вызвано такое различие, и это никак не обсуждается в тексте. 5. Рисунок 2.8 — присутствует некая путаница в подписи к рисунку н тексте.

В подписи к рисунку указано, что (а) и (с) — это изображения осадка на фильтре, в то время как в тексте сказано, что изображения фильтрата представлены на рисунках а и Ь. Это затрудняет понимание результатов эксперимента. б. Вызывают много вопросов проведенные эксперименты с различными концентрациями соли. Во-первых, почти все изображения в диссертации бьши получены для раствора 20 мМ ХаС1, 5 мМ М8804, что явно не соответствует физиологическим условиям в клетке. Чем был обусловлен такой выбор? Кроме того, если в начале 2-й главы идет речь о росте адсорбции белка и палочкообразных агрегатов при увеличении концентрации солей в растворе, то результаты, представленные на рисунке 2.15, свидетельствуют об отсутствии влияния соли на адсорбцию агрегатов дикого типа белка.

Также меня не убедили объяснения эффекта ионной сила на агрегацию мутантов белка, т.к. эффекты экранировки вряд ли могут носить немонотонный характер. Неясно, что понимается под «компактным состоянием» белка. Про М8804 сказано, что увеличение концентрации этой соли ведет к увеличению адсорбции, в то время как из рисунка следует, что для дикого типа адсорбция не меняется, а для мутанта — падает в достаточно большом диапазоне концентрации данной соли. 7. В таблице 3.1 приводится сравнительный анализ персистентной длины и модуля Юнга червеобразных структур для различных условий адсорбции белка, Однако никак не обсуждается факт того, что в жидкости все значения для 20 мМ ХаС1, 5 мМ М8804 примерно соответствуют 20 мМ ХаС1, 30 мМ М8804 на воздухе.

С чем может быть связано такое различие'? Перечисленные недостатки, тем не менее, не влияют на научную ценность полученных в диссертации результатов. Их достоверность, новизна и практическая значимость не вызывает сомнений. Содержание диссертации и степень ее завершенности заслуживают положительной оценки. Таким образом, диссертация Кузьминой Н. В.

«Атомно-силовая микроскопия сигма(70)-субъединицы РНК-полимеразы Е со11» удовлетворяет всем критериям„установленным в Положении о присуждении ученых степеней в Московском государственном университете имени М.В. Ломоносова, а соискатель заслуживает присуждения ученой степени кандидата физико-математических наук по специальностям 03.01.02 - «Биофизика», 03.01.08 - «Биоинженерия».

Заместитель директора по научной работе Института физической химии и электрохимии им. А.Н. Фрумкина Российской академии наук 119071, г. Москва, Ленинский проспект 31, кор Тел.: 8 (495) 952-55-82, е-пза11: о1е8Ьа11®гпа11.ги кандидат физико-математических наук, доцент О.В. Батищев «25» мая 2017 года .