Отзыв на автореферат 5 (Атомно-силовая микроскопия сигма(70)-субъединицы РНК-полимеразы E.coli)

Отзыв на автореферат диссертации Кузьминой Натальи Викторовны «Атомно-силовая микроскопия сигма(70)-субъединицы РНК-полнмеразы Е.со!Ь>, представленной на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности 03.01.02 - Биофизика, 03.01.08- Биоинжеперия Диссертационная работа Кузьминой Натальи Викторовны посвящена изучению агрегации белка а70 н его мутантов методом атомно-силовой микроскопии. Белок п70 это субъединнца РНК-полимеразы, способная формировать амилоидоподобные фибриллы, в работе Кузьминой Н.В.

эти фибриллы исследованы, определен их размеры, условия нх формирования, предложена качественная модель агрегации, которая приводит к их формированию. Считается, что большинство пептидов и белков при определенных условиях способны формировать амилоидоподобные фибриллы. Эта способность связана со структурой белковой цепи и возможностью формировать бета-листы. Полимеризация некоторых пептидов, например, А~3-пептида и амилина (диабет- ассоциированного пептнда), связана с неизлечимыми заболеваниями.

Для множества других пептидов (некоторых дрожжевых пептидов, некоторых гормонов человека) способность к полимеризации и формированию амилоидоподобиых фибрнлл ие имеет ясного биологического смысла, но является их неотьемлемым свойством и предметом активного изучения. Многолетний опыт изучения амилоидов, накопленный мировым научным сообществом, помогает развивать новые методы терапии, которые если не излечивают амилоидозов, то хотя бы замедляют их развитие.

Активно обсуждаются возможности использования амилоидоподобных фибрилл в разработке новых материалов, например, молекулярных проволок для наноэлектроники. Актуальность и практическая значимость работы Кузьминой Н,В. связана с неослабевающим интересом ученых к механизмам агрегацни белков и формирования амилоидов. Каждый пептид и белок, для которого описаны условия «амилоидной агрегации»„морфология н стабильность фибрилл, расширяет наши знания в области биофизики пептидов и углубляет понимание роли амилоидополобных фибрилл в различных биологических процессах.

Оригинальные результаты, полученные в рамках диссертационной работы Кузьминой Н.В., включают в себя разные аспекты агрегации белка о70. Во-первых, показано, что этот белок способен формировать амилоидоподобные фибриллы, и что их количество зависит от ионной силы раствора, Обнаружено, что фибрнллы имеют закрутку, характерную для многих амилоидов. Во-вторых, сопоставлена способность к формированию фибрилл белка а70 и трех его мугантных вариантов. Обнаружено, что удаление определенного количества остатков с Х-конца белка резко увеличивает тенденцию к агрегацин, т.е, этот домен существенно препятствует формированию фибрилл. В-третьих, обнаружен полиморфизм фибрилл, и показана способность белка п70 к формированию гибких волокон, В-четвертых, предложена качественная модель, которая объясняет существование разных типов фибрилл а70.

Несомненное достоинство работы — несомненная цельность, она описывает сложное глубокое исследование одного явления. В то же время, автореферат имеет некоторые недостатки. Не очень понятно, почему обсуждение гибких червеобразных фибрилл появляется только в середине текста. Обычно, когда в исследованиях агрегации обнаруживается полиморфизм, его сначала декларируют, а потом описывают каждый из типов агрегатов. В данном случае почему-то выбрана другая логика: сначала описаны амилоидоподобные фибриллы, а потом оказывается, что кроме них существуют еще и гибкие червеобразные. Кроме того, в автореферате описаны только результаты, полученные методом атомно-силовой микроскопии и не описаны результаты, полученные другими методами, использованными в работе (просвечивающей злектронной микроскопии, светорассеяния).

Несмотря на указанные недостатки, в целом автореферат производит очень хорошее впечатление: текст написан ясно и наглядно проиллюстрирован. Все выводы н положения, выносимые на защиту, хорошо обоснованы, они абсолютно новые и оригинальные, зто подтверждается публикациями Кузьминой Н.В, в высокорейтинговых журналах. Видно, что автора работы отличает внимание к деталям, желание проанализировать наблюдаемые явления с разных сторон и найти для них максимально подробное и глубокое объяснение, Основные результаты работы опубликованы в 3 статьях и обсуждались на 9 конференциях.

Работа удовлетворяет критериям, установленным в Положении о присуждении ученых степеней в Московском государственном университете имени М.В.Ломоносова, а ее автор„Кузьмина Наталья Викторовна, заслуживает присуждения ученой степени кандидата физико-математических наук по специальностям 03.01.02 - «биофизика» и 03.01.08 - «биоинженерия». Вед.н.с. кафедры биоинженерии Биологического факультета М1 У К.ф.м.н„ без звания Багров Д.В. 119234 Ленинские горы, д,1, стр. 73 ПОДП ЗАВЕ .