Билеты от Хроматина и Разина за 2013-й год

1.

1. Ковалентные модификации гистонов и их значение, методы изучения распределения модифицированных гистонов вдоль молекулы ДНК (ChIP))

2. Домены с размытыми границами и домены, содержащие перекрывающиеся гены. Особенности регуляторных систем доменов с размытыми границами.

2

1. Расположение нуклеосом вдоль молекулы ДНК (файзинг и гиперчувствительные сайты) комплексы ремоделирования хроматина, значение регулярного расположения нуклеосомю. Позиционирование нуклеосом в окрестностях промоторов

2. Современные методы картирования участков начала репликации (полногеномные подходы и molecular combing). особенности эукариотических участков начала репликации ДНК.

3

1. Транскрипционно-активный хроматин (методы изучения, основные отличия на уровне индивидуальных нуклеосом и на уровне упаковки в структуры высшего порядка, предпочтительная чувтсвительность к ДНКазе активных генов, домены хроматина, отличающиеся повышенной чувствительностью к ДНКазе). Типичные для активного хроматина модификации гистонов.

2. Эксперименты, демонстрирующие существование закрепленных на ядерном матриксе петель ДНК. Специфичность организации ДНК в петли. MAR и SAR элементы; белки, связывающиеся с MAR элементами.

4.

1. Вариантные формы гистонов. Особенности нуклеосом, содержащих вариантные формы гистонов. Механизмы включения вариантных форм гистонов в нуклеосомы

2. Гипотеза доменной организации генома. Реконфигурации хроматиновых доменов при активации транскрипции (переходы нить нуклеосом – 30 нм фибрилла).

5

1. Транскрипция ДНК, организованной в нуклеосомы.

2. Инсуляторы (идентификация инсуляторов, энхансер-блокирующие элементы и пограничные элементы, методы изучения инсуляторов, CTCF и другие белки, участвующие в работе инсуляторов)

6

1. Особенности эукариотических промоторов. Промоторы тканеспецифичных генов и генов «домашнего хозяйства».

2 Механизмы дозовой компенсации уровней экспрессии генов в половых хромосомах

7

1. Метилирование ДНК, изменения в характере метилирования в ходе клеточного цикла, ДНК метилазы, CpG островки, импринтинг, механизмы подавления транскрипции посредством метилирования ДНК; белки, связывающиеся с метилированной ДНК

2. Энхансеры и сайленсеры. Модели, объясняющие возможный механизм действия энхансеров.

8

1. Сайт-специфичное метилирование гистонов; белки гетерохроматина и общие принципы организации гетерохроматиновых доменов, взаимосвязь между метилированием ДНК и метилированием гистонов.

2. Активаторные хроматиновые блоки. Метод изучения пространственной конфигурации геномных доменов (Chromosome Conformation Capture, 3C).

9

Взаимное влияние различных модификаций гистонов. Эффекты in situ, in cis и in trans

2. Белки группы Polycomb и их роль в инактивации генов

.

10

1. Структура нуклеосомы. Динамика нуклеосомной глобулы

2. Зависящее от транскрипции метилирование гистона H3. Регуляторная роль фосфорилирования CTD PHK-полимеразы II по различным позициям

11

1. Компартментализация клеточного ядра. Структура ядрышка. Компартменты, выявляемые с помощью иммуноокрашивания. Изучение скорости обмена белков между компартментами и нуклеоплазмой

2. Различные механизмы инактивации генов. Создание неактивных хроматиновых доменов.

12

1. 30 нм хроматиновая фибрилла. Роль гистона H1 и межнуклеосомных взаимодействий. Модификации гистонов, препятствующие упаковке в 30 нм фибриллу.

2. Суперспирализация ДНК, основные характеристики суперсирализованной ДНК. Связанные на нуклеосомах супервитки.

13

1. Хромосомные территории и модели упаковки хромосом в ядре

2. Репликоны в геноме эукариотической клетки, пространственная организация репликонов, тайминг репликации ДНК.

14

1. Ацетилирование гистонов и его роль в контроле способа упаковки ДНК в хроматине. ферменты, осуществляющие ацетилирование и деацетилирование гистонов, прогрессивное ацетилирование гистонов в транскрипционно-активных геномных доменах, гипотеза Траверса

2. Импринтинг, роль инсуляторов в установлении импринтинга

15

1. Механизмы поддержания активного и неактивного статуса генов в ходе клеточной дифференцировки (механизмы клеточной памяти. Белки Polycomb и Tritorax.

2. Коммпартментализация функциональных процессов в клеточном ядре. Репликационные и транскрипционные фабрики. Механизмы образования ядерных компартментов

16

1. Пространственная организация хроматиновых доменов в интерфазной хромосоме. Контакты удаленных элементов генома. Роль инсуляторов в поддержании архитектуры интерфазных хромосом.

2. Деметилирование ДНК при образовании гамет и метилирование de novo по ходу развития эмбриона. Инактивация генов, ответственных за плюрипотентность