Билеты 2012-го года

Билет № 1.

1. Кольцевые молекулы ДНК и понятие о сверхспирализации ДНК. Параметры сверхспирализованной ДНК и конформационные переходы в сверхспирализованной молекуле ДНК. Топоизомеры ДНК. Механизм действия топоизомераз.

2. Преобразования первичных транскриптов у эукариот, приводящие к созданию функциональной мРНК..

Билет № 2.

1. История доказательства генетической функции ДНК. Опыты Эвери, Херши и Чейз. Комплементарные пары оснований Уотсона-Крика..

2. Структура промотора РНК полимеразы II и основные этапы сборки пре-инициаторного комплекса.

Билет № 3.

1. Неканонические формы ДНК. Комплементарные пары оснований Уотсона-Крика и Хугстина. Триплексы.

2. Химические модификации гистонов нуклеосом. Вариантные формы гистонов. Понятие о «гистоновом коде». Активный и неактивный хроматин. Механизмы репрессии генов, обусловленные деацетилированием и метилированием гистонов.

Билет № 4.

1. Репликоны эукариот, изменчивость их размеров. Скорость движения репликативных вилок.

2. Расположение нуклеосом на молекуле ДНК. АТФ-зависимое «ремоделирование» хроматина.

Билет № 5.

1. Вилка репликации, «ведущая» и «отстающая» нити при репликации. Фрагменты Оказаки. Координация синтеза ДНК на комплементарных нитях. Комплекс белков в репликационной вилке.

2. Классификация типов репарации. Прямая репарация тиминовых димеров и метилированного гуанина. Вырезание оснований. Гликозилазы.

Билет № 6.

1. Полимеразы, участвующие в репликации, характеристика их ферментативных активностей. Точность воспроизведения ДНК. Полимеразы I, II и III E. coli. Субъединицы полимеразы III. Понятие о процессивности ДНК полимераз. Факторы процессивности репликации у прокариот и эукариот

2. Нуклеосома как единица структурной организации хроматина. Октамер гистонов в составе нуклеосомы. Линкер и линкерные гистоны. 30 нм хроматиновая фибрилла

Билет № 7.

1. Репликативные ДНК-полимеразы эукариот. Праймаза-ДНК-полимераза. Фрагменты Оказаки и особенности их «процессинга».

2. Редактирование РНК

Билет № 8.

1. Инициация репликации ДНК у эукариот. Участки начала репликации и взаимодействующие с ними белковые факторы.

2. РНК-полимераза прокариот, ее субъединичная и трехмерная структуры. Разнообразие сигма-факторов.

Билет № 9.

1. Регуляция инициации репликации ДНК у E. coli. Структура участка старта репликации (origin, ori). Структурные переходы ДНК в районе старта репликации. Репликатор.

2. Активные и неактивные домены хроматина. Механизмы формирования

Билет № 10.

1. Причины возникновения мутаций. Основные пути репарации повреждений ДНК.

2. «Расписание репликации» участков хромосомы в клеточном цикле.

Билет № 11.

1. Молекулярные механизмы, координирующие клеточный цикл и репликацию ДНК. Понятие о «сверочных точках» (checkpoints). Циклины и протеинкиназы.

2. Мобильные элементы в геномах эукариот (типы мобильных элементов, механизмы перемещения, примеры мобильных элементов дрожжей и высших эукариот).

Билет № 12.

1. Проблема репликации линейного незамкнутого фрагмента ДНК. Теломера и теломерные повторы. Теломераза, ее РНК-компонента. Теория старения в связи с динамикой структуры теломеры.

2. Промотор генов прокариот, его структурные элементы. Стадии транскрипционного цикла. Инициация, образование «открытого комплекса», элонгация и терминация транскрипции.

Билет № 13.

1. Репарация двунитевых разрывов: гомологичная пострепликативная рекомбинация и объединение негомологичных концов молекулы ДНК.

2. Аттенюация транскрипции. Регуляция экспрессии триптофанового оперона. «Рибопереключатели». Механизмы терминации транскрипции.

Билет № 14.

1. Вырезание (эксцизия) поврежденных нуклеотидов. Комплекс ферментов, осуществляющих эксцизионную репарацию. Механизм репарации, направленной на исправление активно транскрибируемых генов. Механизм репарации неспаренных нуклеотидов (mismatch репарация). Выбор репарируемой нити ДНК.

2. Репликация хроматина

Билет № 15.

1. SOS-репарация. Свойства ДНК-полимераз, участвующих в SOS-репарации (ДНК-мутазы) у про- и эукариот. Роль RecA белка.

2. РНК-полимеразы эукариот I, II и III. Участие разных полимераз в транскрипции разных клеточных РНК. Особенности структуры промоторов генов, транскрибируемых с помощью РНК-полимераз I и III.

Билет № 16.

1. IS- последовательности бактерий, их структура. Транспозоны бактерий (Tn3, и Tn10). Механизмы транспозиций

2. Негативная и позитивная регуляция транскрипции у прокариот. Лактозный оперон. CAP-белок.

Билет № 17.

1. Инициация транскрипции РНК полимеразой II эукариот. Структура промотора. Общие транскрипционные факторы, удаленные регуляторные элементы

2. Компартментализация клеточного ядра. Хромосомные территории.

Билет № 18.

1. Молекулярные механизмы сайт-специфичной рекомбинации. Классификация рекомбиназ. Типы хромосомных перестроек, осуществляемых при сайт-специфичной рекомбинации. Конструирование хромосом многоклеточных эукариот с помощью системы сайт-специфичной рекомбинации фага.

2. Кепирование, сплайсинг и полиаденилирование транскриптов, синтезируемых полимеразой II. Механизмы сплайсинга. Роль малых ядерных РНК и белковых факторов. Сплайсосома. Транс-сплайсинг.

Билет № 19.

1. Рекомбинация у эукариот. Инициация рекомбинации. Ферменты рекомбинации у эукариот. Генная конверсия. Локус спаривания у дрожжей, переключение типов спаривания.

2. Регуляция транскрипции полимеразой II. Понятие о цис- и транс-регуляции транскрипции. «Модули» промоторов полимеразы II у эукариот. Базальная транскрипция и ее факторы. TBP и TAF факторы. Узнавание ДНК фактором TBP. Фосфорилирование С-концевого домена РНК-полимеразы II и элонгация транскрипции.

Билет № 20.

1. Энзимология общей рекомбинации у E. coli. RecBCD комплекс. RecA белок. Особенности «миграции ветви». Ферменты, участвующие в миграции ветви и разрешении структуры Холлидея.

2. Регуляция транскрипции у эукариот. Комбинаторный принцип в регуляции транскрипции. Коактиваторы и корепрессоры. Энхансеры и сайленсеры. Принцип «дальнодействия» в регуляции транскрипции.

Билет № 21.

1. Структура молекулы ДНК. Значение доноров и акцепторов водородных пар, экспонированных в больщой и малой бороздках

2. Доказательство полуконсервативного характера репликации ДНК. Вилка репликации, «ведущая» и «отстающая» нити при репликации. Фрагменты Оказаки. Координация синтеза ДНК на комплементарных нитях. Комплекс белков в репликационной вилке.

Билет № 22.

1. Метилирования ДНК. Механизмы инактивации генов при метилировании ДНК. Репликативное метилирования ДНК. Дезаминирование 5-метилцитозина и мутации. ДНК-метилтрансферазы эукариот.

2. Денатурация и ренатурация ДНК. Классы повторяющихся последовательностей в ДНК эукариот.

Билет 23

1. Современные подходы к определению нуклеотидных последовательностей ДНК

2. Активный хроматин и транскрипция «через нуклеосомы»