Лишь спустя 10 лет вопрос о перемещении Орловской архиерейской кафедры снова потребовал своего разрешения. На этот раз, правда, ходатайствовало уже Орловское епархиальное начальство — епископ Иона. Он активно взялся за наведение порядка в епархиальных делах. В 1817 году, в первый год вступления епископа Ионы в должность, была преобразована Семинария. С этого времени она состояла из трех отделений — низшего, среднего и высшего, а из низших ее классов составлены были особые училища с наименованием уездных и приходских. Такие духовные уездные и приходские училища, состоявшие под управлением ректоров или смотрителей, были открыты в городах Орле и Ливнах. Орловское духовное, уездное и приходское училище помещалось при Успенском мужском монастыре, а по его упразднении — при архиерейском доме, в том же деревянном здании, в котором до 1798 года помещалось духовное училище.

Неизвестно, сумел бы Преосвященный Иона добиться перевода архиерейской кафедры из Севска, если бы не посещение Орла императором Александром I, обратившего внимание на ненормальное местонахождение Орловской епископской кафедры. Это случилось в сентябре 1817 года, то есть в первый же год вступления епископа Ионы на Орловскую кафедру.

Сохранился любопытный рассказ о том, что послужило прямым поводом для перевода кафедры. Как уже говорилось выше, епископ Иона до своего назначения в Орловскую епархию прежде состоял придворным священником и лично был известен императору Александру I. Будучи проездом в Орле и принимая Преосвященного с городским духовенством, Император, обратившись к Преосвященному Ионе, сказал: «А, вы здесь, отец Иван? Как же вам живется в Орле?» Преосвященный доложил, что он имеет жительство не в Орле, а в Севске, за городом. Разговор продолжался все то время, пока государь принимал благословение от духовенства: «От чего же вы, отец Иван, не живете в Орле? Разве здесь нет монастырей?» На что Преосвященный ответил, что в Орле монастырей действительно нет, а есть только «монастырешки».

«После представления епископ Иона был уведен государем во внутренние покои временного дворца, где после обстоятельной беседы о том же предмете получил от государя соизволение на ходатайство о перемещении кафедры в Орел».

Вполне возможно, что дело происходило если не таким, то аналогичным образом. Так или иначе, 28 февраля 1818 года епископ Иона уже послал доношение Святейшему Правительствующему Синоду, в котором изложил свои аргументы против нахождения Архиерейской кафедры и Семинарии в Севске.

Наконец, 3 января 1820 года на имя Орловского епископа поступил указ от Святейшего Синода следующего содержания: «Святейший Синод причины, в представлении Вашего Преосвященства изъясненные, о перемещении Архиерейской кафедры из Севска в Орел находя уважительные в том наипаче рассуждении, что старый Архиерейский в Севске дом и Семинария требуют на поправку значительных издержек без отвращения неудобств к сохранению здоровья по невыгодному в сем городе местоположению и дороговизне расстраивающей содержателей питомцев Семинарии, и для того полагает: 1) согласно с представлением Вашего Преосвященства Архиерейскую кафедру и Семинарию из Севска в губернский город Орел переместить с обращением в Архиерейский дом Орловского третьеклассного Успенского монастыря и с переведением штата сего монастыря в Мценский Петропавловский монастырь. 2) Устроение в Орле нового каменного корпуса для жительства епархиальному Архиерею по представленному плану, на который по смете исчислено 59135 рублей, отнесть на счет строительного по Государству капитала. 3) Архиерейский дом в Севске со всеми угодьями оставить загородным домом, так как в Орле нет угодий, кои бы могли заменить положенные к Архиерейским домам угодья, а затем 4) Угодья Орловского Успенского монастыря, за обращением его в Архиерейский дом и за предполагаемым перемещением в Мценский монастырь, который имеет свои угодья, обратить в казенное ведомство. 5) Относительно же ассигнования на устроение в Орле Семинарии исчисленной по смете суммы (346845 р.), то рассмотрение сего предоставить по принадлежности Комиссии Духовных Училищ, с препровождением в оную плана фасада и сметы сему зданию».

Энергичная деятельность епископа Ионы увенчалась успехом. 25 февраля 1820 года он уже рапортовал Синоду о выезде своем с Консисторией из Севска. Однако епископу не удалось дождаться окончательного благоустройства Архиерейского дома и домовой церкви при нем — 17 июля 1821 года он был переведен на архиепископскую кафедру в Тверь, а из Твери (6 ноября 1826 г.) — в Казань.

1.2 Орловская епархия в первой половине XIX века

В церковной архитектуре 1820-40-х годов широкое распространение получает тип купольного храма с классицистической ордерной декорацией. Три памятника — церкви в селах Лепешкино (Старцево), Большая Куликовка и церковь Святой Живоначальной Троицы города Орла — имеют невысокие барабаны (в первых двух окна барабана круглые). Наиболее типичны для этой эпохи храмы с высокими барабанами. Их фасады декорированы пилястрами (как в церквях сел Спешнево, Кутафино, Альшань), либо полуколоннами (церкви в Паслово, Ровнеце, Георгиевская церковь во Мценске).

Самым же характерным выражением вкуса времени стали крупные крестообразные храмы, в которых, как и в памятниках XVIII в., пространства северного и южного рукавов креста были предназначены для приделов. В церкви села Васильевка оформление фасадов напоминает триумфальные композиции классицизма 1820-30-х годов. Своеобразна структура церкви в Новомихайловском. Композиция и декор этого памятника 1830-х годов целиком принадлежат классицизму, тогда как последний представитель крестовокупольного типа, Спасо-Преображенский собор, который поставлен на вершине Красной горы в историческом центре Болхова, на территории бывшего Болховского кремля (1840-е гг.), имеет уже псевдорусские формы, с конца 1830-х гг. культивируемые центральной властью. За основу взят тип соборного древнерусского храма с закомарами, хотя определяющими остаются приемы позднего классицизма. Эта постройка знаменует начало кризиса классицизма на Орловщине.

В 1841 г. для единоверцев была построена деревянная церковь во имя святого Николая чудотворца на старообрядческом Лутовом кладбище, названном так потому, что эта земля была куплена у некого старика Лутова, жившего с женой хутором на месте нынешнего Ботанического сада. В 1872 году к единоверческой церкви была пристроена новая трапезная. В 1842 году каменная единоверческая часовня в городе Орле была перестроена в церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы и получила в народе название Успенской Новоблагословенной, а дубовая часовня неприсоединившихся к единоверию, стоявшая рядом, по распоряжению правительства была разобрана.

В ночь с 31 мая на 1 июня 1843 года во время пожара в Орле сгорела дотла Введенская обитель. После пожара монастырь был перенесен на новое место, на юго-восточную окраину Орла, где и продолжил свое существование. В обители имелось теперь четыре храма: соборный, в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, Трапезный, во имя Тихвинской иконы Божией Матери, и Воскресенский. Управлялась обитель игуменьей. В XIX веке Введенский монастырь славился золотошвейными работами. Художественные изделия монахинь пользовались признанием за границей.

1.3 Орловская епархия во второй половине XIX века

В этот период впервые в крае появляются новые монастыри. В 1853 году основывается женская община в Болхове, преобразованная в 1875 году в Богородично-Всехсвятский общежительный монастырь. Он располагался в полуверсте от Болхова. В обители было три храма: каменный Всехсвятский, деревянные в честь иконы «Живоносный Источник» и Ризоположенский. Два раза в год (в неделю Всех Святых и в день празднования иконы Богоматери «Троеручицы») свершались крестные ходы.

В 1879 году образована женская община в селе Посошки возле Кром. При ней имелось два храма: во имя Казанской иконы Божией Матери и в честь Иоанна Предтечи.

В 1884 году, на средства помещицы Марии Охотниковой, основывается женская обитель Марии Магдалины в селе Никольском Ливенского уезда. Она располагалась на ровном открытом участке на северной окраине села. В начале XX в. монастырь представлял из себя развитый архитектурный ансамбль, главной доминантой которого являлся массивный Марии-Магдалининский собор, построенный в 1884-1886 годы. С 1887 г. при обители существовало училище для девочек.

Источники отмечают появление в этот период чудотворных икон. В 1858 году в Орле прославился своими чудесами список с чудотворной иконы Божьей Матери Балыкинской, ставший главной святыней Введенско-Христорождественского женского монастыря в Орле. Почитался образ Богородицы Троеручицы, хранившийся в Богородично-Всехсвятском монастыре г. Болхова.

Обновляются старые и возникают новые места почитания. Так, наряду с существовавшим Святым колодцем близ деревни Фроловка, почитается и еще один - другой «явленный» колодец.

Во второй половине XIX в. Орловско-Севская епархия стала местом деятельности многих подвижников и святых. Большим уважением среди верующих пользовался епископ Поликарп. Он был известен смирением и благотворительностью. В частности, по его инициативе в 1862 году был учрежден приют для сирот духовного звания на 40 девочек при кладбищенской Крестительской церкви. В 1867 году Орловский духовный приют был переведен в новый трехэтажный корпус, устроенный для него на месте бывшего Введенского девичьего монастыря. Позже, преосвященнейшим Макарием, епископом Орловским и Севским, этот приют был преобразован в Женское епархиальное училище. Благодаря стараниям епископа Поликарпа в 1865 году, наряду со светскими периодическими изданиями (такими, как «Орловские Губернские Ведомости» и «Орловский Справочный Листок» при военной гимназии), в городе Орле при Духовной семинарии стали издаваться «Орловские Епархиальные Ведомости».

Признание стяжал своей ученостью и подвижнической жизнью архимандрит Болховского Троицкого Оптина монастыря Макарий (Глухарев). Согласно отдельным источникам, по земле Орловщины ступала нога святого Серафима Саровского.

В конце XIX в. появляется несколько церковно-просветительских научных обществ и братств. Во Мценске учреждается Братство в память священномученика Кукши. В 1872 году вновь назначенный благочинный церквей города Мценска Илья Стефанович Попов обратил внимание на каменную церковь Богоявления Господня, располагавшуюся на кладбище неподалеку от Стрелецкой слободы и вмещавшую 50-60 человек, а с пристроенной в позднейшие времена трапезной до 75 человек. По мере увеличения города церковь осталась без прихода и причта, и, лишенная средств, пришла в упадок, а колокольня покосилась и угрожала падением. Попов решил возвратить церковь к жизни путем создания «Братства священномученика Кукши», оно было учреждено 28 февраля 1876 года. Его первым председателем стал военный врач Николай Васильевич Уточкин. В соответствии с уставом Братства, в числе его целей назывались «возобновление и поддержание в первобытном устройстве и надлежащем благолепии разрушающегося храма Богоявления Господня», забота о возобновлении и поддержании других ветхих храмов. По мере накопления средств, Братство рассчитывало создать богадельню для бедных и открыть школу по программе сельских школ, с присоединением ремесленного образования. Предполагалось оказывать помощь тем беднякам, которые не решались открыто просить пособие. В 1876 году был освящен правый придел Богоявленского храма и назначен причт. Устраивается новый каменный трапезный храм и возводится колокольня. Левый придел получает наименование святого Кукши.

В 1894 году в Святейший Синод отправляется депутация с просьбой о перенесении мощей священномученика в Братскую Богоявленскую церковь. Несмотря на отказ, амчане, при содействии Орловского и Севского епископа Мисаила, обратились непосредственно к митрополиту Киевскому Иоанникию, и тот дал согласие на перенос части мощей во Мценск. В Киево-Печерской лавре заказывается икона из кипарисного дерева с изображением святого Кукши в полном облачении. В его правой руке находился покрытый слюдой ковчежец с мощами. Из Мценска за иконой отправился председатель Совета Братства архимандрит Иоасаф с небольшим сопровождением.

25 августа 1895 года, около 8 часов утра, скорым поездом икона была доставлена в Орел. Там ее торжественно встречали епископ Орловский и Севский, члены Братства Илья Попов и священник Илья Ливанский, вся платформа была занята горожанами. Икона была помещена в Троицкий храм Архиерейского подворья. Впоследствии такая же икона появилась в Болхове. В Киево-Печерской лавре готовили и вторую икону для Орла, на этот раз она должна была украсить Петропавловский Кафедральный собор.

2 марта 1887 года при кафедральном Петропавловском соборе было учреждено Орловское Православное Петропавловское братство. С 1899 года стал действовать Орловский отдел Православного Императорского Палестинского Общества.

В последней четверти XIX в. в епархии насчитывалось 998 церквей. В архитектуре этого периода происходит отход от классицизма. Большое число построек этого времени относится к византийскому или русскому стилям.

Три из них выстроены как крестовокупольные — в Жердеве, Никольском, Смоленская церковь в Орле, освященная в 1895 году. Аналогичным памятником является и церковь Иверской иконы Божией Матери в Орле. Храм был заложен недалеко от железнодорожного вокзала в октябре 1899 года в память коронования императора Николая II. Главный престол освящен 13 октября 1902 года.

1.4 Епархия в начале XX столетия

В конце XIX века в духовной жизни России отчетливо выделяются тенденции, направленные на защиту традиционных ценностей, и, в первую очередь, Православия и культуры. Это связано, прежде всего, с проведением реформ, давших народу ряд ограниченных прав и обязанностей, в том числе в области образования, самоуправления, защиты в суде, смены рода занятий, свободы передвижения. Государство проявляло большую заинтересованность в подлинной церковности подданных Российской Империи. Среди народа начинает распространяться катехизаторская литература, печатается на русском языке Библия, в часть которой вошел перевод архимандрита Макария (Глухарева); создаются проповеди, доступные для простых людей, содержание их приближается к злобе дня, происходит их политизация, расширяется издание учительной литературы и церковных журналов. Особое внимание обращается на организацию приходских общин и миссионерскую деятельность, растет число православных церковных братств, развивается сеть церковноприходских и воскресных школ. Предполагалось, что церковноприходские школы будут «утверждать в народе православное учение веры, христианской нравственности и первоначальные полезные знания». Число церковно-приходских школ быстро росло: если в 1884 году их было более 4000, то в 1903-м насчитывались 44421 школа с 1909700 учениками обоего пола.