Шпоры (Шпаргалки по биофизике), страница 4

Образование α-спирали происходит как нефазовый переход, так как оба фазовых состояния одномерны и не происходит изменения границы фаз.

Образование β-листов происходит как ФП 1 рода, площадь контакта цепи с листом зависит от размера контактирующих элементов. Процесс образования β-структуры происходит значительно дольше.

28. Третичная структура белка. Классификация белков по типу третичной структуры.

Третичная структура белков стабилизируется гидрофобными взаимодействиями, водородными и дисульфидными связями.

Различают третичную структуру у фибриллярных, глобулярных и мембранных белков.

Наиболее простая третичная структура характерна для фибриллярных белков. Для них характерна высокая регулярность первичной и вторичной структуры и большие размеры полипептидной цепи.

• α-структурные. Например, коллаген.

Первичная структура представлена полимером трипептида (-гли-про-про-), закрученного во вторичную структуру α-спираль. Третичная структура представлена суперспиралью из трёх полипептидных цепей.

• β-структурные. Например, фиброин шёлка.

Фиброин образован чередующимися АК глицина и аланина, уложенными в β-слои по 8 блоков. Эти структуры затем накладываются друг на друга, образуя более сложную структуру.

• Существуют также глобулярные белки, образующие фибриллярную третичную структуру. К таким белкам относится актин.

Глобулярные белки имеют наиболее сложную пространственную структуру. В центральной части глобулы обычно располагается гидрофобное ядро, образованное α и β-структурами и гидрофобными АК. На периферии располагаются нерегулярные петли, гидрофильные участки, образующие водородные связи с молекулами воды. В глобулярных белках часто выделяют промежуточную доменную структуру, образованную стабильными сочетаниями блоков вторичной структуры. По преобладающим типам структуры выделяют: α-глобулы, β-глобулы и смешанные белки.

К отдельному типу относят мембранные белки. Их особенностью является наличие трансмембранного участка, образованного гидрофобными структурами и обращённого к липидам мембраны. Для трансмембранного участка обычно характерна высокая регулярность укладки и простота третичной структуры. Гидрофильные участки располагающиеся на поверхности мембраны имеют нерегулярную структуру.

29. Физическая теория фазовых переходов. Понятие фазового перехода. Типы фазовых переходов. Образование и разрушение пространственной структуры белка с позиции теории фазовых переходов.

Фаза вещества – это состояние вещества, которому в данных условиях соответствует минимум свободной энергии. При изменении условий могут происходить переходы между фазами, изменение фазового состояния вещества. По характеру изменения свободной энергии выделяют три типа фазовых переходов.

ФП 1 рода.

В процессе ФП наблюдается только начальное и конечное состояния, невозможно уловить промежуточные состояния. ФП происходит в узком диапазоне условий, зависимость свободной энергии от условий носит S-образный характер. Изменение фазы происходит по принципу "Всё или Ничего". Стабильные состояния между ФП 1 рода разделены достаточно высоким энергетическим барьером, поэтому они происходят достаточно длительное время.

ФП 2 рода.

Для этого типа ФП характерно постепенное изменение фазы через многочисленные промежуточные состояния, принцип "Всё или Ничего" отсутствует. Скачок энергии в малом диапазоне условий отсутствует, поэтому ФП 2 рода происходят быстро и в более широком диапазоне условий. При достижении температуры ФП происходит скачок теплоёмкости системы, в результате дальнейший рост температуры сопровождается слабым ростом энергии.

Нефазовые переходы.

Для них характерно значительное изменение упорядоченности системы без изменения её агрегатного состояния и размерности.

В процессах денатурации и ренатурации белка разные стадии представляют собой фазовые переходы разного рода. Для малых белков процесс можно считать одностадийным. Этот процесс происходит как ФП 1 рода.

Для крупных белков этот процесс многостадийный, и разные его стадии происходят как ФП разного рода.

Ранние этапы самосборки различаются в зависимости от типа вторичной структуры.

Образование α-спирали происходит как нефазовый переход, так как оба фазовых состояния одномерны и не происходит изменения границы фаз.

Образование β-листов происходит как ФП 1 рода, площадь контакта цепи с листом зависит от размера контактирующих элементов. Процесс образования β-структуры происходит значительно дольше.

Процесс образования и разрушения нативной структуры происходит как ФП 1 рода. В процессе этого перехода происходит изменение энтропии системы, компенсированное изменением свободной энергии. Это обеспечивается наличием большого числа слабых связей с низкой энергией.

К ФП 2 рода могут относиться процессы образования и разрушения доменных структур, которые часто сопровождаются ростом теплоёмкости системы.

30. Денатурация белка. Её термодинамическая характеристика. Этапы денатурации белка. Механизмы денатурации. Способы денатурации.

Денатурация – это процесс разрушения нативной пространственной структуры белка. Этот процесс сопровождается изменением функциональной активности, упорядоченности боковых групп и фиксированности глобулярной структуры. В термодинамическом плане денатурация сопровождается увеличением энтропии и уменьшением свободной энергии белка. Существует два механизма денатурации для малых и крупных белковых молекул.

В первом случае процесс денатурации представляет собой ФП 1 рода, что обеспечивается наличием большого числа слабых связей с глобуле.

Во втором случае на первом этапе плавления глобулы происходит нарушение упорядоченности боковых групп, но сохраняется общая пространственная структура. Этот переход происходит как ФП 1 рода. Дальнейшие этапы денатурации зависят от доменной и вторичной структуры и могут происходить как ФП любого рода.

Расплавленная глобула является устойчивым интермедиатом разворачивания белка и характеризуется минимумом свободной энергии.

По способам денатурации различается

1. Температурная.

Существует тепловая и холодовая денатурация. При тепловой происходит разрушение связей за счёт увеличения скорости теплового движения, а при Холодовой происходит ослабление гидрофобных взаимодействий, что приводит к падению стабильности белка.

1. Химическая.

Связана с оттягиванием части водородных связей химическими веществами, часто электролитами, что приводит к падению устойчивости боковых групп. (мочевина, гуанидин гидрохлорид)

1. Лучевая.

Лучевая денатурация связана с поглощением атомами энергии, приводящим к разрыву ковалентных связей.

31. Самоорганизация белка. Этапы самоорганизации белка. Термодинамическая оценка процесса самоорганизации. Особенности процесса самоорганизации белка в условиях in vivo. Парадокс Левинталя, его сущность и разрешение.

Самоорганизация – это путь к глобальному минимуму свободной энергии. Этот путь единственно возможный в данных условиях для данной молекулы. Для белков процесс самоорганизации заключается в образовании пространственной структуры.

В процессе ренатурации белка разные стадии представляют собой фазовые переходы разного рода. Для малых белков процесс можно считать одностадийным. Этот процесс происходит как ФП 1 рода.

Для крупных белков этот процесс многостадийный, и разные его стадии происходят как ФП разного рода.

Ранние этапы самосборки различаются в зависимости от типа вторичной структуры.

Образование α-спирали происходит как нефазовый переход, так как оба фазовых состояния одномерны и не происходит изменения границы фаз.

Образование β-листов происходит как ФП 1 рода, площадь контакта цепи с листом зависит от размера контактирующих элементов. Процесс образования β-структуры происходит значительно дольше.

Процесс образования нативной структуры из расплавленной глобулы происходит как ФП 1 рода. В процессе этого перехода происходит уменьшение энтропии системы, компенсированное падением свободной энергии. Это обеспечивается наличием большого числа слабых связей с низкой энергией.

К ФП 2 рода могут относиться процессы образования и разрушения доменных структур, которые часто сопровождаются ростом теплоёмкости системы.

Парадокс Левинталя заключается в том, что каждый АК остаток имеет порядка 10 возможных конформаций, цепь из 100 АК остатков будет иметь 10¹⁰⁰ возможных конформаций. При этом, белок должен менять свою конформацию в сторону наименьшей свободной энергии и "почувствовать" стабильное состояние. При этом перебор возможных состояний даже короткой цепи в 100 АК потребовал бы 10⁸⁰ лет при скорости перехода между конформациями порядка 10^-13 секунд. Но при этом процесс образования нативной структуры происходит за время порядка 1 секунды.

Парадокс разрешается при учёте нуклеационного механизма сворачивания. Пространственная организация начинается в самом начале синтеза полипептидной цепи с образования ядра сворачивания. Ядро сворачивания образуется изначально из АК имеющих небольшое число разрешённых конформаций. В процессе синтеза цепи новые АК контактируют с ядром сворачивания, которое ограничивает число разрешённых конформаций. В процессе синтеза всё новые АК вовлекаются в ядро сворачивания, увеличивая его поверхность, скорость падения энергии системы возрастает. В этом заключается котрансляционный механизм сворачивания. Образование зародыша сворачивания соответствует локальному энергетическому минимуму, а далее система стремится к глобальному энергетическому минимуму – к нативной структуре.

Также в клетке могут присутствовать ферменты, катализирующие отдельные этапы самосборки – фолдазы, а также шаперолы, белки теплового шока, способные стабилизировать структуру синтезируемого белка, формируя с ним нековалентные связи.

32. Механизмы ферментативного катализа на примере работы сериновых протеаз.

В общем виде механизм ферментативного катализа представлен несколькими стадиями:

Сериновые протеазы катализируют процесс расщепления пептидной связи. Без участия фермента реакция идёт через промежуточное состояние тетраэдрического комплекса. Это состояние характеризуется высоким уровнем свободной энергии и для протекания реакции в отсутствии фермента необходимо преодоление высокого энергетического барьера.

Сериновые протеазы стабилизируют переходное состояние и таким образом снижают энергетический барьер.

Активный центр состоит из каталитического центра, непосредственно осуществляющего химическую трансформацию и из субстрат-связывающего центра, обеспечивающего правильное расположение субстрата в пространстве относительно каталитического центра.

Главным каталитическим центром является боковая цепь серина(195), от которой отщепляется протон, расположенным рядом остатком гистидина, при участии аспартата. Углеродный атом пептидной связи образует временную ковалентную связь с активным центром, переходя в тетраэдрическую форму. Но образующийся тетраэдрический комплекс имеет меньшую свободную энергию, так как "–" заряд карбоксильной группы втягивается в оксианионовую дыру(протоны, образующие водородные связи), а донором протона является гистидин, удобно расположенный в пространстве, благодаря неспецифической пептид-связывающей площадке, ориентирующей пептидную связь относительно активного центра. Всё это снижает неопределённость системы, уменьшает энтропию и свободную энергию системы.